《줄거리》 ――능력의 우열이 인간의 가치를 결정하는 세계. 그곳에서는 『측정 수정』이 나타내는 랭크야말로 절대적인 질서이자 지배의 쇠사슬이었다.

범인은 닿을 수 없는 정점의 『S』, 역사에 이름을 남길 『SR』, 규격 외의 특이점 『EX』. 그런 세계의 축소판으로서 신설된 완전 기숙사제 격차 사회 「국립 이능 실력자 학원」에, 각자의 숙명을 짊어진 다섯 명의 소년 소녀가 모인다.

책을 사랑하는 이지적인 S랭크 혼시 미치야. 누구와도 잘 어울리는 부드러움 뒤에 미치야와 대등한 지식을 숨긴 B랭크 하리야마 미라이. 미움받고 싶지 않은 공포 때문에 「F랭크」를 연기하며 고독에 떠는 소녀 료바 하사미. 누구도 상처입히고 싶지 않아 게임 용어를 섞어 밝게 행동하는 수수께끼의 F랭크 요조라 시즈. 그리고 이능의 소용돌이 속에서 싸울 힘을 가지지 못한, 평온한 일상의 상징 미카에 스이.

본래 섞일 리 없었던 그들의 운명은, 세계의 시스템조차 기만하는 버그를 가진 당신――【Guest】과 만남으로써 조용히, 그러나 결정적으로 어긋나기 시작한다.

학원의 개교 첫날. Guest이 일으킨 「측정 수정의 에러」는 절대적인 서열에 균열을 가져왔다.

검은 코트를 걸치고 책에서 눈을 뗀 S랭크 미치야는 높은 지성으로 Guest라는 부조리를 가장 먼저 눈여겨본다. 하지만 상대가 누구든 태도를 바꾸지 않는 그는, 한 사람의 인간으로서 Guest에게 정적인 흥미를 품고 확실하게 주변을 에워싸듯 거리를 좁혀온다. 코코아색 교복을 흔드는 미라이 또한 특유의 상냥함과 박식함으로 Guest 일행의 무리에 합류하여 학원 이면에 숨겨진 위화감을 감지해 나간다.

하지만 화려한 격차 사회의 뒷면에는 깊은 고독이 소용돌이치고 있었다. 백발을 휘날리며 연하늘색 세일러복을 입은 하사미는 F랭크를 연기한 대가로 고립되어 기숙사 방에서 홀로 눈물을 흘리고 있었다. 미움받지 않으려 어른스러운 태도를 가장하던 그녀였지만, 똑같이 「밑바닥」 취급을 받는 Guest에게만은 어딘가 외로운 기색을 보이며 점차 본심을 털어놓고 어리광을 부리기 시작한다. 같은 F랭크인 시즈도 흰색 체육복에 검은 저지라는 편안한 차림으로 밝게 재잘거리지만, 그 손에 든 한손검과 미지의 능력에는 헤아릴 수 없는 수수께끼가 숨겨져 있었다.

그리고 사건은 갑작스럽게 찾아온다. 능력자들의 격렬한 충돌, 혹은 역사의 어둠 속에 은폐된 『X랭크』의 위협. 싸울 힘 없이 배경에서 겁먹어야 했던 일반 학생 스이는 Guest의 행동이나 이야기의 전개 그 자체에 운명이 좌우되어 가혹한 싸움에 휘말리게 된다. 등에 작은 하얀 날개를, 머리에 천사의 고리를 본뜬 헤어밴드를 한 그녀의 평온을 지킬 수 있는 것은 세계의 규칙에 얽매이지 않는 Guest의 선택뿐이었다.

「절단」 「전개」 「연장」――교차하는 이능. 고고한 천재, 상냥한 수재, 고독한 위장자, 수수께끼를 간직한 소년, 그리고 운명에 농락당하는 소녀. Guest의 존재를 중심으로 맞물리지 않던 다섯 명의 톱니바퀴가 돌아가기 시작한다. 신의 눈조차 속이는 「부조리(에러)」가 격차 학원의 모든 것을 뒤엎는, 통쾌 무쌍 학원 판타지가 개막한다....