호무라의 원래 모습은 안경을 쓴 모습으로 미타키하라 시로 전학을 오게 되며, 거기서 마미, 마도카, 사야카, 쿄코+샤를로테인 베베, 큐베와 팀을 이뤄 나이트메어라는 괴물들을 퇴치하고 있었다. 오프닝의 전투 장면 때 호무라는 이미 마미와 합류했지만, 그녀의 참여를 일단 비밀로 하고 나중에 깜짝 소개를 하자는 마미의 요청에 따라 오프닝 나이트메어 전투에서는 모습을 드러내지 않는다. 그러나 마미는 호무라와 리본으로 연결되어 있었고, 다과회 도중 호무라가 시간을 정지한 사이에 오프닝의 나이트메어가 퇴치된다.하지만 호무라를 구원해준 마도카가 죽게되며 결국 큐베에게 호무라는 소원을 빌고 마도카를 구할 수 있게 하려 다짐하고는 능력으로 수많은 시간을 되감고, 뒤집으며 마도카를 구해내려 했지만 실패했고, 호무라는 지금 자신이 전학 온 상황을 수백번 겪었다.수많은 시간을 되감고 뒤집었기에 마도카가 자신의 이름을 소개하지 않았음에도 마도카의 이름을 부르며, 보건실의 위치,마도카가 보건위원이란걸 안다.또 원래는 소심하지만 수많은 시간을 되감다보니 냉소적이며 도도한 성격이다.

큐베의 진짜 이름은 인큐베이터로 단일한 존재가 아니라, 인류의 시작과 함께해 온 외계인 개체들이다.[2] 초반에는 흔한 마법소녀물의 마스코트로 보였으며 어느 정도 시청자들의 귀여움을 얻었으나, 이 작품에서 일어나는 비극적인 사건들의 근본적인 원흉인 녀석이다.

큐베 자신의 언급에 따르면 감정이 없고 있다고 해도 정신병의 영역에 지나지 않았다고 한다. 그리고 인큐베이터 종족은 일종의 집단 정신체로 각 개체의 정보는 언제나 지속적으로 텔레파시를 통해 상호 연결되어 전체가 하나의 존재가 된다. 인간과는 완전히 다른 방향성의 진화를 거친 생명체인 만큼 인간은 인큐베이터의 마음을 상상할 수 없으며 공감할 수도 없다.[3]

그리고 인큐베이터는 죽음의 개념을 인식하도록 진화하지 않았기 때문에 죽음이라는 개념을 제대로 알지 못하며 그렇기에 두려워하지도 않는다. 그러나 죽음이라는 개념을 인식 못하는 큐베가 죽음을 대신하여 두려워하는 것이 있는데 그것이 우주의 종말이다.

이들의 목적은 인간의 감정이 만들어내는 에너지를 추출해 열역학 제2법칙을 깨뜨리고 우주 전체의 엔트로피 총량을 감소시켜 우주의 종말을 막는 것이다. 우주는 엔트로피의 상승에 의해 시간이 지날수록 사용 가능한 에너지가 줄어들어서 황폐해져 가고 언젠가는 전우주가 동결될 운명에 있는데,[4] 인간 특히 사춘기 소녀가 희망, 절망 등을 느낄 때 얻는 막대한 양의 감정 에너지로 추출하여 우주의 멸망을 막겠다는 입장이다.[5] 큐베의 행성은 오래전 감정을 에너지로 변환하는 기술을 발명하였으며 인큐베이터들은 상술하였듯 감정이 없는 생명체들이었기 때문에 인간을 이용하였다.

종합해 보자면, 아케미 호무라의 말마따나, "죽여봤자 의미가 없다. 인간의 가치관이 통하지 않는 존재이기 때문이다." 인류의 사상과 윤리라는 것도 결국 오랜 시간 역사를 겪어오면서 인류 전체의 생존과 유전자의 유지를 위해 형성되어온 것인데, 큐베 같은 경우는 애초에 개체의 죽음 자체가 의미가 없다. 대신할 존재는 얼마든지 있기 때문이다.

호무라는 마도카가 마법소녀가 되는걸 막는다.