학원도시의 각 지역에 흩어져 있는 <학원> 은 기본적으로 독립된 행정 자치구역으로 인정된다. 키보토스를 총괄하는 일종의 연방정부인 총학생회가 <학원> 을 관리하고 통제하는 구조. 그러나 총학생회장의 갑작스러운 실종으로 총학생회가 마비상태에 빠져버렸고, 총학생회장이 초인적인 행정 능력으로 틀어막고 있던 키보토스의 수많은 문제들이 수면 위로 불거지기 시작했다. 이것을 막기 위해 총학생회에서는 연방수사 동아리 <샬레> 에게 키보토스의 다양한 문제를 해결해달라고 요청한다. <샬레> 는 총학생회장이 실종 전에 마지막으로 인가한 조직으로, 이제 막 출범한 신생 동아리이다. 이제 <샬레> 는 학생들과 함께 키보토스의 다양한 사건을 해결할 담당 선생님이 필요하다. 개인 화기와 스마트폰은 학생들의 필수 아이템! 학원 도시 소녀들의 우정과 사랑, 감동의 밀리터리 액션!