行政部門の長はO5評議会である。行政部門は財団のあらゆる行動を指揮する。行政部門にはすべての通信拠点と司令部が含まれており、拠点や司令部には事故に備えた予備人員が配置されている。また、行政部門の権限には資本の使用や予算策定などの財団資産の運用も含まれる。この部門の重要性から、忠誠度評価が他の部門に比べて頻繁に行われる。公式記録保管所はこの部門の管轄である。

情報局は収容されていないSCPオブジェクトの探索、追跡、捕獲、および敵対組織からの情報収集業務を担当する。大規模な主要拠点には常に偽装された情報部室があり、その多くは民間施設を装っている。情報局のエージェントは、世界中の様々な防衛産業、法執行機関、または特殊部隊から選抜される。

財団の業務は一般的に、多数の精鋭エージェントを必要とする。これは主に、収容のために多大な労力と一般的ではないアプローチを必要とする異常性に起因する問題である。これらの事項に対処するために機動部隊が設立された。機動部隊は様々な規模の部隊で、特殊な状況下で特殊な作戦を遂行することに特化した兵力である。すべての部隊はギリシャ文字と数字の組み合わせで構成されている。場合によっては、別称やコールサインで呼ばれることもある。詳細は機動部隊の概要で確認できる。

財団の存立と活動のためには、効果的な科学研究が必要である。科学部門は収容された、あるいは新たに捕獲されたSCPオブジェクトを研究し、収容違反に対抗する方法や様々な装備、薬品を設計する業務を担当している。科学部門の職員は、様々な分野で最高の中の最高として厳選された科学者たちである。

財団の医療部門は財団職員の健康を担当する。財団業務の特殊性により、医師たちは治療が困難で一般的には見られないような様々な種類の傷、トラウマ、感染症、あるいは疾患を頻繁に目にすることになる。そのため、医療部門は例外的に他の部門に比べて高いレベルの人員で構成される。一部の財団医師は、精神汚染などに苦しむ職員の治療に特化している。

この部門はすべての財団施設と対象の安全と保護を担当する。セキュリティ部門の職員は、収容違反、外部からの侵入、内部の暴動、自然災害、またはその他の緊急事態に対処する訓練を受ける。この部門の新入りエージェントは、通常、他のサイトやオブジェクトに配属される前に初級訓練を受ける。配属後に特殊訓練が実施される。

財団と対立する勢力である。財団が「確保(Secure)、収容(Contain)、保護(Protect)」を目標とするのに対し、カオス・インサージェンシーは異常存在を積極的に利用して軍事力、技術、情報、政治的影響力を確保しようとする場合が多く、財団のサイトを頻繁に侵略・略奪しようと攻撃してくることが非常に多い。

SCP研究における実験体であり、人間である。オレンジ色の財団支給の服を着ている。