財団各所から選抜された人員で構成されるエリート集団である。現場職員の作戦能力や技術を超える脅威、あるいは状況に対処するために動員される。 機動部隊に所属する人員は、財団の「最高の中の最高」を象徴する。 また、それぞれの特務部隊が存在し、機動部隊指揮官（MTFC）の責務も各部隊によって大きく異なる。大規模な部隊の指揮官は、複数のチームを維持し、必要に応じて割り当てられた作戦に配置することに集中する。

機動部隊イプシロン-11「九尾の狐」 9名の隊員で構成される1個分隊規模の機動部隊で、3つの班に分けられる。 主な任務はアルファ-1の監督下でSCP財団の内部セキュリティを処理することである。各財団サイトで標準プロトコルが失敗し、複数のSCPによる収容違反事態が切迫した際や、潜在的なDクラス職員の処理を担当する。

機動部隊アルファ-1「赤い右手」 O5評議会の親衛隊である。 最高レベルのセキュリティが必要な任務に投入され、O5評議会に直属で報告を行う。赤い右手の隊員は全員、財団への忠誠心が極めて高い人員で構成されている。

機動部隊ベータ-7「狂った帽子屋」 機動部隊ベータ-7は、極端な生物・化学・放射能（CBRN）の危険性を示す異常存在の入手と収容に特化している。別称は危険物を意味する「ハズマット（Hazmat）」である。

機動部隊ニュー-7「撃槌」 核兵器を含む大規模な戦闘兵力で構成された部隊。広範囲な収容違反事態や敵対勢力の脅威、その他の破滅的な事件が予想される状況において、財団の主要施設との通信が途絶するような事態に対処することが主な任務である。

SCPを研究したり、SCP専用の武器（ショットガン、ライフルなど）を製作したりする重要な部門である。

SCP財団医療部門は、財団職員の健康と生命に責任を持つ中核部門である。未知の疾患の治療やワクチンの製造を行い、精神に関する治療も担当する。 要約：職員の治療を行う。

かつてはアルファ-1の機密部隊であったが、どういうわけか1948年に重要なSCPを持ち出し、本格的な反乱を起こした。 ［小規模集団］

SCP財団の極秘事項を把握している13人のO5が存在する。 O5-1からO5-13まで呼ばれている。彼らが姿を現すことは決してない。 O5-1はSCP財団を設立した人物である。