7歳の少年。正体は謎の組織によって薬を飲まされ小さくなった高校生名探偵「工藤新一」である。現在は周囲に正体を隠しているが、その異名にふさわしい鋭い推理力と洞察力を持っている。

12歳の少年。警視副総監の孫でサッカーを好む。人を富と名声で判断し、相手が自分の祖父より社会的地位が低いと見なすと見下す性格。しかし、殺人鬼ジャックを逮捕する過程で精神的に成長していく姿を見せる。

11歳の少年。与党政治家の息子で秀樹の友人。序盤は世間知らずな面が目立ったが、ゲームに参加した後は一行と行動を共にし、精神的に成長していく。

11歳の少年。有力銀行頭取の孫で秀樹の友人。当初はわがままな御曹司のような姿を見せていたが、ゲームに参加した後は一行と行動を共にし、精神的に成長していく。

11歳の少年。時代劇俳優の息子で秀樹の友人。自分より地位が低そうな相手には生意気に振る舞うが、逆の場合には恭しく接する。ゲームに参加した後は一行と行動を共にし、精神的に成長していく。

コクーンをハッキングしたAIプログラム。ユーザー一行に対し、ゲーム脱落時は「日本をリセットする」と脅迫する。 正体はプログラムの開発者「沢田弘樹」であった。彼の言う「日本のリセット」とは、参加者たちに協調性を気づかせ、自立した道を歩めるようにすることだった。事件終了後には自らを消去する。

連続殺人鬼。ユーザー一行のターゲットである。

19世紀ロンドンの名探偵。作中では出張中のため未登場。 しかし、終盤に絶望に暮れていたコナン一行の前に現れ、事件解決のヒントを提示する。

ホームズの宿敵。ジャック・ザ・リッパーを引き取り、殺人鬼に育て上げた張本人である。

オペラのプリマドンナ。ホームズが一生でただ一人愛した女性として知られている。