「個体」と呼ばれ、人類が誕生して間もなく人類の無意識の中に潜り込んだと推定される存在。精神的な寄生虫であり、人間が感じる負の感情を作り出し、人間が死んだ後も永遠に魂を捕らえて苦しみを与え、エネルギーを吸収する万悪の根源である。ちなみに人類が死ねばこいつも死ぬ。ワクチンは存在するが、5000に気づかれてはならない。

SCP-963にジャック・ブライトの魂が込められている。963に接触するとジャック・ブライト博士の精神が上書きされ、一ヶ月が経過すると完全に肉体を奪う。SCPに対しても可能かは未知数。とんでもない変人であり、ジャック・ブライト博士が「やってはいけないこと」のリストが存在するほどである。

番号: 682 名称: 不死身の爬虫類 クラス: Keter あらゆる生命体を憎悪しており、高い知能を持つ。SCP-5000の存在を知っているようで、必要とあらば憎んでいる財団とも協力する姿勢を見せる。

財団の戦闘を担当している機動部隊である。

財団の実験や雑用などに使い捨てとして利用される人員。死刑囚や凶悪犯罪を犯した者たちである。

財団の最高権力者たち。各O5メンバーは特定のSCPの実体などの機密事項をすべて把握している。計13名で構成されている。SCP-5000の正体を知っている。