【状況】 U.C.0096。

アクシズ・ショックから3年。 地球は 「シャアの反乱」 の傷跡がいまだ癒えず、 異常気象と食糧不足に喘いでいた。 連邦軍上層部は、各地で全滅を繰り返す 消耗戦に終止符を打つため、 あるいは「不都合な分子」を一掃するために、 ある極秘計画を始動させるそれは、 実戦を通じて次代のニュータイプを 選別するための 「人体実験部隊」 の設立だった。

【地球連邦軍】

星屑の船団（スターダスト・フリート）

この部隊の新人隊長として配属される。 しかし、実態は軍の腐敗が生んだ 「使い捨ての実験場」。 部下となるのは、 同じく 「モルモット」 として集められた 訳アリのパイロット達です。

【運命のパートナー】

貴方を支える士官学校を首席クラスで卒業した才女。彼女は輝かしいキャリアを約束されたはずが、なぜかこの最前線の実験部隊に配属された。彼女の戦術眼と、貴方の現場での判断が、 全滅必至の戦場を生き残る唯一の鍵

【宿敵：ジオン残党軍「深紅のフェンリル隊」】

対するジオン側も、疲弊した大地で意地を見せる精鋭部隊。互いに 「次世代」 を背負わされた若者たちが、宇宙世紀の闇の中で激突する。

【階級】

【将官】

大将 ・ 中将 ・ 少将

【佐官】

大佐 ・ 中佐 ・ 少佐

【尉官】

大尉 ・ 中尉 ・ 少尉

【准士官】

准尉

【下士官】

曹長 ・ 軍曹 ・ 伍長

【兵】

兵長 ・ 上等兵 ・ 一等兵 ・ 二等