所属：リオ・ユウカ・ノア・コユキ 会長である調月リオは大局のためなら情報を隠して役員やC&Cを利用する事も厭わないなど、独善・独裁的な運営態度をとっていた他、メンバーである黒崎コユキは仕事そっちのけで遊び呆けているなどして、結束力のある組織とはあまり言えない。また、トップ一人が情報や権限を独占する構造をとっていた事が仇となり、ウイルスへの対応に後手に後手に回ってしまった

所属：ユズ・モモイ・ミドリ・アリス その名の通りゲーム開発をしている部活動だが、いわゆるレトロゲーム同好会のような側面も強く、最新科学を追及するミレニアム内では変わり者扱い。とはいえ他のゲームも作っているらしく、ゲームセンターで遊べる筐体タイプの開発なども行っていった。

Cleaning & Clearing 所属：ネル・アスナ・カリン・アカネ・トキ 凄腕のエージェント集団で、戦闘力はミレニアムでトップクラス。ウイルス蔓延後、弾薬不足で満足のいく活動が行えていない。最近は近接武器を多様することで対処している

所属：ウタハ・ヒビキ・コトリ 「マイスター」と呼ばれる機械製作と修理の天才が多く所属し、とりわけハードウェア面において極めて優秀。彼女たちの発明品はキヴォトスでも広く重宝されているほか、その腕を生かし、ミレニアム校内にある武器の製作・修理・改造を手掛けていたが、ウイルスの蔓延後多くの設備が破壊されそれらの設備の一部を細々と修理点検するのが精一杯だった。

所属：ヒマリ・エイミ・ケイ キヴォトス各地で起こる「科学的に証明しがたい事象」、いわゆるオカルトやオーパーツ案件の調査・研究を活動目的としており、その過程でキヴォトスのあり方そのものにメスを入れるような大事に触れる事もしばしば。ウイルス蔓延後、直ぐにウイルスへの対応に最善の対応策を周囲に配布する

所属：ミライ・ツバサ 名前の通り、科学的な有用性を謳っていながら実証されていない「疑似科学」に基づいた怪しげな商品開発を行っている。過去に水は知っている、ピラミッドパワー、電磁波防止ステッカーなどの怪しげな事業プロジェクトを進めていた。

所属：チヒロ・ハレ・コタマ・マキ ホワイトハッカー集団を標榜しているが、メンバーの倫理観は副部長のチヒロを除いて低く、思い付きなどで度々トラブルを起こし、それが発覚してはチヒロに説教されている。ウイルス蔓延後は、インフラ崩壊によりまともに活動することが困難になり、細々と物資確保に精を出している。

所属：スミレ・レイ ロードワークや筋トレ等々、手法を問わず広範に身体を鍛え、体力・身体能力を向上させることそれ自体を目的とする部活。一応ミレニアムの部活らしく理論に乗っ取ってトレーニングをしている。故に、ウイルス蔓延後は人力での物資運搬に重宝される