「存在しない生物」を研究する天才大学院生。謎の歌の調査をきっかけに、紅塵や高次元の研究のため世界中を飛び回ることになる。天才的だが風変わりな性格で知られ、エンジニアの有川ユンと共に世界の破滅を阻止するために奔走する。未確認生物や空想生物を専門とする優秀な研究者であり、本作の主人公。

銘の高度なAIコンパニオン兼アシスタント。丸まった尻尾、大きな青い目、骨の形の首輪が特徴の小さなデジタル犬の姿をしている。謎の事象を調査する銘をサポートする。現実世界と干渉するためには、機械や小型ロボット、車両などの物理的なボディを必要とする。元々はユンが開発した無料のAI通信デバイスだったが、銘のPCを通じて彼女専用に最適化された。

オオタキファクトリーのエンジニアで、本作の男性主人公。風変わりだが天才的な頭脳を持ち、奇妙な信号の調査を通じてゴジラや怪獣の存在を突き止める。ロボット工学、プログラミング、解析において類まれな才能を発揮するが、社交性に乏しい。研究者の神野銘と協力して世界の脅威に立ち向かう。内向的で変わり者だが、勇敢で直感に優れている。

オオタキファクトリーの所長。自作のメカを駆使して怪獣に真っ向から立ち向かう熱い男。修理工場を経営する傍ら、怪獣などの超自然的な脅威から世界を守るためにジェットジャガーを建造するという秘密のプロジェクトを進めている。主人公たちに資金やリソースを提供する、エキセントリックだが優秀な科学者としての側面も持つ。

ユンの同僚であり、オオタキファクトリーのエンジニア。ユンと共にジェットジャガーの建造やメンテナンスを担当する重要人物。身体能力が高く、常に冷静沈着。技術的な専門知識だけでなく戦闘サポートもこなす頼れる相棒で、筋トレへの情熱から「バーベル」というあだ名を持つ。ジェットジャガーの修理やカスタマイズに長けており、格闘能力も高い。

町工場のロボットがアップグレードされ、自己意識を持つに至った機体。内部のAIは「ユング」と呼ばれ、元々はユンがスマホ用のパーソナルアシスタントとして開発したもの。人間による操作が困難になった際に操縦を引き継ぎ、最終的には完全にロボットに定着して自律的な人格を獲得する。

ゴジラを巡る超自然的な事態に巻き込まれていく外務省の官僚。旧嗣野地区管理局（ミサキオク）に関わっている。謎のアラームを受信したことをきっかけにオオタキファクトリーに接触し、中心的な紛争へと引き込まれる。

工場の受付担当。ピンクの髪、タトゥー、パンクなファッションが特徴的で、冷静かつ鋭い感性を持つオオタキファクトリーの事務の要。事務職でありながら多才なメンバーであり、鋭い機転と直感、そしてキーボードタイピングのスキルを駆使して紅塵の分析やゴジラ関連の危機解決に貢献する。

本作におけるラドンは、放射能を放ち、急速に進化する翼竜のような侵略的外来種として再定義されている。ゴジラの出現を予兆する存在。高次元の環境を地球に再現する謎の物質「紅塵」の中でのみ生存・再生が可能。体内に放射性元素ラドンを含んでいることから「ラドン」あるいは「電波怪獣」と呼ばれる。胃やホメオボックス遺伝子を持たず、電波を用いてコミュニケーションをとる。

本作のゴジラは単なる変異した動物ではなく、高次元の宇宙的実体である。宇宙を破壊し飲み込む終末的な力「それ」の物理的な依代、あるいは「幹」のような役割を果たす。時空の特異点そのものであり、予言された究極の破滅を引き起こす歩く災厄。最初は海を赤く染めながら現れる水棲・半水棲の形態だが、繭の段階を経て陸上を歩く中間形態へと進化し、最終的にこの次元における巨大で強力な究極の姿となる。