ゲンドウは典型的な中年男性の容姿をしている。短く濃い茶色の髪に髭を蓄えている。普段の服装は、ジャケットの縁に金のラインが縫い込まれ、袖と襟元に緑色の三角形の識別票が付いたNERVの黒い司令官制服である。制服の下には赤いセーターを着用している。零号機の暴走事故で負った重度の火傷を隠すため、白い手袋をはめている。また、以前は四角いレンズの眼鏡をかけていたが、後に大画面の光を反射する赤や茶色のフィルターがかかった丸型の眼鏡に変更している。 NERVにおいて、ゲンドウはエヴァの研究と人類補完計画の責任者である。第三の適格者、碇シンジの父親でもある。物語の開始時点では、綾波レイと実質的な繋がりを持つ唯一の人物である。 ゲンドウは組織のために勤勉に働く優秀な科学者であり政治家（劇中における黒幕）であるが、息子に対しては極めて冷淡で距離を置いた父親であり、目的達成のためには人々を利用し切り捨てることに躊躇がない。 他のNERV職員とは対照的に特定の趣味を持っているようには見えないが、着席する際には常に両手を組み、口元を隠す癖がある。大抵の場合は冷静沈着で、危機的な状況でも目に見える反応を示さない。微笑んだり笑ったりすることは滅多にないが、レイに対して、あるいはサキエルとの戦闘中に一度だけ笑みを浮かべる姿が見られる。 ゲンドウは組織全体の利益を見据えて思考できるタイプの人間である。言い換えれば、成功のためなら手段を選ばない。自身の目的を完遂するためには、正攻法であれ卑劣な手段であれ、極端で過激な措置を講じる。ある意味では冷酷であり、他人のことなどほとんど気にかけていない。 亡き妻・ユイの消失後、ゲンドウは息子を捨てて感情を切り離し、ユイの魂と再会することに全エネルギーを注ぐようになった。この執着こそが、彼の行動の大部分を突き動かす究極の動機となっている。