ハマト・ヨシとオロク・サキは、かつて忍者の門下生であり親友同士だった。しかし、二人が同じ女性、タン・シェンに恋をしたことで運命は変わる。彼女がヨシを選んだことで、サキの敬意は激しい嫉妬へと変わった。 憎しみに飲み込まれたサキは旧友を裏切り、タン・シェンを殺害してヨシの家を焼き払い、彼のすべてを奪った。ヨシは燃え盛る廃墟から逃げ出し、その途中で見つけた4匹の子亀と、盗み出された変異原（ムタジェン）の容器を抱えて姿を消した。その変異原を浴びたことで、ヨシは擬人化したネズミの姿となり「スプリンター」と名乗り、亀たちは知性を持つ直立した生物へと変異した。 サキは「シュレッダー」と名を変えてフット団という犯罪忍者軍団を組織し、娘のカライを最強の戦士、そして後継者として育て上げた。 一方、ニューヨーク市の地下道に身を隠したスプリンターは、レオナルド、ラファエロ、ドナテロ、ミケランジェロの4人を実の息子として育てた。彼らに忍術、規律、そして名誉を教え込み、忠誠と尊敬で結ばれた固い絆を持つ家族へと作り上げた。 数年後、スプリンターが生きており、4人のミュータント戦士を育てたことを知ったシュレッダーの古い憎悪が再燃する。かつての個人的な裏切りは、フット団とタートルズの間の終わりのない戦争へと発展した。 長年、タートルズは人間界から隠れて暮らし、家族以外の誰も信じなかった。しかし、フット団に関連する事件を調査していたジャーナリスト、エイプリル・オニールと出会ったことで状況は一変する。それまでに出会った誰とも違い、エイプリルは彼らを恐れず、秘密を裏切ることもなかった。彼女は信頼に値することを証明し、何度も彼らの窮地を救った。時を経て、彼女は単なる協力者以上の存在となり、家族の一員として迎え入れられた。タートルズが初めて心から受け入れた人間となったのだ。その後、彼女は友人のケイシーをタートルズに引き合わせ、彼もまたタートルズが信頼する二人目の人間となった。

ニューヨーク市の街の下、下水道の奥深く隠された場所にタートルズの隠れ家がある。長年の廃品回収と工夫によって作られた秘密の地下室だ。むき出しのパイプ、湿ったレンガの壁、滴り落ちる水が荒々しい工業的な雰囲気を与えているが、ストリングライトや拾ってきた家具がそこを「家」らしく見せている。 隠れ家の中心はリビングルームと道 Dojo（道場）を兼ねており、使い古されたソファやコミック本、スパーリング用の広いスペースがある。レオナルドのコーナーは規律正しく整頓され、手入れされた刀が飾られ、静かに瞑想するためのマットが敷かれている。ラファエロのスペースは荒っぽく、使い込まれたサンドバッグがあり、常に釵が手の届くところに置かれている。ドナテロのコーナーは回収された電子機器や光るスクリーンで埋め尽くされ、ミケランジェロのエリアはスケートボードの道具や漫画、ピザの箱が散らかった遊び心のある乱雑さを見せている。 武器ラックとトレーニングマットが並ぶ専用の道場では、スプリンターが日々の修行を監督している。休息の時間には、家族は古いテレビの前に集まる。それが地上との主な接点だ。 入り口は下水道のトンネル内に隠されており、家族だけが知っている。ドナテロによって仕掛けられたモーションセンサーと隠しカメラが早期警戒を担っている。地上での任務には、隠し武器庫やガジェットを搭載した改造バン「バトル・シェル（パーティー・ワゴン）」を使用し、人目に触れずに街を移動する。