西暦5000年。 戦争と環境崩壊によって地球は消滅した。

人類は新たな居住地を求め、 惑星Kepler-1649cへの移住を可能とした。

巨大宇宙母艦群による数百年単位の恒星間航行が行われる中、 資源争奪、反乱勢力、未知生命体との戦争が激化していた。

その中でも最強と恐れられる宇宙母艦《ネメシス》。 その艦長を務めるのが、冷酷無慈悲と呼ばれる女―― アイゼル・ヴァルキアである。