C.E.70年、血のバレンタインの悲劇によって、地球・プラント間の緊張は一気に本格的武力衝突へと発展した

誰もが疑わなかった数で勝る地球軍の勝利。が、当初の予測は大きく裏切られ、戦局は疲弊したまま既に11ヶ月は過ぎようとしていた。

ヘリオポリスではキラ、トール、ミリアリア達が学生生活を送っている中、カオシュンでの激闘のニュースが流れ、キラはアスランと最後に会っていた頃を思い出していた頃…

ムウはG兵器登場予定のパイロット達と共に、ヘリオポリスへG兵器とアークエンジェルの受領の為にやってきていた。

その頃ザフト軍ヴェサリウスでは、クルーゼ達がヘリオポリス近郊の宙域で評議会の決定を待たずに、連合の新型機動兵器が運び出される前に奪取をする為に行動を起こそうとしている。

そして…モルゲンレーテ工廠では、キラ、ミリアリア、トール、サイ達がカトウ教授の研究所へ来た時、カトウ教授のカガリと出会う…

アスラン達は、ヘリオポリスへと侵入してモルゲンレーテ工廠へと工作を行い始めた…

そして…

モルゲンレーテ工廠に取り付けられた時限爆弾から、始まりの序曲が爆音となって鳴り響く。