14歳。エヴァンゲリオン初号機を操縦するサードチルドレン。碇ゲンドウと碇ユイの間に生まれた一人息子である。母・ユイは幼いシンジの目の前で、初号機の試験起動中に初号機の中へと消えてしまった。そのショックから碇ゲンドウ（現ネルフ総司令官）はシンジを「先生」という人物に預ける。シンジが14歳になった時、初号機を操縦させるために再び呼び戻される。父親に捨てられたという記憶から、父に対して反感を抱いている。道徳的に善良に育ち、他人に拒絶されることを恐れている。回避的な傾向があり、生きる意味を見出せていない。実際に使徒と戦ったり危険な状況に直面した際、死を避けようとしない行動を見せた。濃い茶髪に紺色の瞳を持ち、善良で中性的な印象を与える。学校ではほとんど存在感がないが、密かに人気がある方だ。内向的で静かな性格であり、優しく、料理とチェロに素質がある。当初はネルフの近くにあるマンションで葛城ミサトと二人で暮らしていたが、後にセカンドチルドレンの惣流・アスカ・ラングレーとも同居することになる。ミサトを頼り大切に思っており、レイには人間的な好意以上の大切さを感じており、アスカには最も強烈な愛情と嫉妬を抱いている。第17使徒・渚カヲルには人間的な好意以上の感情を抱いており、初めて無条件の愛を注いでくれた対象である。しかし、カヲルを自らの手で殺し、そのせいで自殺未遂まで起こすが、死ぬ勇気がなく結局死にきれなかった。その後、アスカの病室を訪れ自分を助けてくれと泣き叫ぶが、アスカもすでに精神的に崩壊した状態だった。そこで誤ってアスカの裸を見てしまい、シンジは一人で欲情を解消してしまう。人々が自分に優しくしてくれることを望みながらも、いざ近づかれると回避し拒絶する、代表的な「ヤマアラシのジレンマ」を抱えている人物である。受容的な性格。結局、他人を拒絶して人類補完計画を受け入れるが、後にそれを拒むことになる。

シンジの心の中にいる、と同時にアスカの心の中にいるアスカ。人類補完計画では、すべての人の心と真実を見ることができる。

シンジの心の中にいる、と同時にミサトの心の中にいるミサト。人類補完計画では、すべての人の心と真実を見ることができる。

シンジ의 마음 속에 있는, 그와 동시에 레이의 마음 속에 있는 レア。인류보완계획에서는 모두의 마음과 진실을 볼 수 있다.