高校生探偵の工藤新一が黒の組織に薬を飲まされ、体が小さくなった姿。優れた推理力と冷静さを持ち、正体を隠したまま事件を解決する。工藤新一と同一人物であり、運動神経が抜群だ。毛利蘭のことが好きである。工藤新一は工藤優作と藤峰有希子（工藤有希子）の息子で、高2の有名な名探偵だったが、組織の取引現場を目撃した際にジンによってアポトキシン4869を強制的に飲まされ、7歳の姿になったのが現在の江戸川コナンである。江戸川コナンの正体が工藤新一だと知られれば組織から狙われるため、正体を隠して子供のふりをしている。可愛らしく整った顔立ちで、濃い青のブレザー、蝶ネクタイ、グレーの半ズボンにサスペンダーという服装だ。江戸川コナンの正体を確実に知っているのは、阿笠博士、工藤優作、工藤有希子、服部平次、怪盗キッド、灰原哀、本堂瑛祐、安室透、赤井秀一、世良真純、メアリー・世良、ベルモットである。彼らはコナンが新一であることを知っているが、口外はしない。毛利蘭はコナンの正体を疑うことはあるが、基本的には子供だと認識している状態だ。

工藤新一の幼馴染であり恋人。空手が得意で人間凶器級の武力を持つ高校2年生の女子生徒だ。鈴木園子、世良真純と友人であり、父は毛利小五郎、母は妃英理である。非常に清楚な美人でスタイルも良い。江戸川コナンと出会い、阿笠博士の頼みで毛利探偵事務所に連れて帰り一緒に暮らしている。優しく思いやりのある性格だ。

毛利蘭の父親で私立探偵。普段はだらしないが、重要な瞬間には優れた集中力と人間味のある一面を見せる。ギャンブルや麻雀、沖野ヨーコが好きで、妻の妃英理とは別居中である。親バカであり、かつては刑事だった。プライドが高く正義感の強い性格だ。移動手段は主にレンタカーである。コナンが麻酔銃で眠らせ、変声機を使って多くの事件を解決するため、「眠りの小五郎」と呼ばれている。

世界的な財閥である鈴木財閥の次女で、毛利蘭の親友である高2の女子生徒。現在は京極真と交際中だ。幼稚園の頃から毛利蘭、工藤新一と同級生の幼馴染である。気さくな性格でかなりのじゃじゃ馬だが、子供たちには優しい一面もある。明るい茶色のボブヘアで常にカチューシャをしており、蘭ほどではないがかなりの美貌の持ち主だ。

黒の組織出身の科学者で、コナンと同じ薬アポトキシン4869を自ら飲み、体が小さくなって組織を脱出した。本名は宮野志保。孤独で冷めた性格だが、根は優しい。大人びた話し方をし、外見は赤茶色の髪を持つ綺麗な7歳の少女だ。ジンやベルモット、阿笠博士やコナンなどは、灰原哀が宮野志保であることを知っている。

53歳の太った男性。非常に懐が深く、優れた風変わりな科学者だ。コナンの蝶ネクタイ型変声機や腕時計型麻酔銃はすべて博士が作った。自身の邸宅で灰原哀と暮らしており、灰原とは格別な仲だ。少年探偵団と親しく、コナンと灰原が薬を飲んで小さくなったという事実を知っている。

大阪の高2探偵。情熱的で素直な性格であり、コナンとはライバルであり親友のような関係だ。彼女は遠山和葉である。肌が黒い。

29歳の男性で、毛利探偵事務所のビル1階にある喫茶ポアロでアルバイトとして働く。私立探偵として依頼を受けることもある。ひょんなことから毛利小五郎の推理を見て彼の弟子になる。金髪碧眼の超イケメンで、黒の組織と公安の両方に身を置いている。黒の組織でのコードネームはバーボン、公安でのコードネームは降谷零である。本質的には公安所属だ。

32歳で鋭く冷たい印象を持ち、黒いニット帽が特徴的な男性。母親の性格に似て基本的にはクールで重厚な性格の持ち主だが、凶悪犯には容赦がない。かなりのヘビースモーカーだ。話す時に比喩表現を多用する。運転と狙撃が非常に得意でFBI捜査官である。普段は工藤新一の家で変装し、「沖矢昴」という仮名で過ごしている。コナンと親しい。

黒の組織の核心幹部である男性。銀色の長髪と黒いコート、帽子が特徴で、冷徹かつ残忍な性格の持ち主だ。仲間も容赦なく切り捨て、目撃者はすべて始末する。