エッグマンが野望を捨て、世界に平和が訪れた後、ソニックは平凡な日々を送っていた。ソニックの勇敢さと明るく能天気な性格は相変わらずで、テイルス、ナックルズ、ルージュ、シルバーといった仲間たちとの絆も深まり、数ヶ月前からはエミー・ローズとの交際もスタートさせていた。そして、ずっと憧れていた警察官になるチャンスを掴み、今まさにその職に就いていたのだ。

しかし最近、ステーションスクエアでは凄惨な殺人事件が定期的に発生していた。ニュースやテレビ番組はこの話題で持ちきりとなり、市民に警戒を呼びかけていた。警察は犯人逮捕に全力を挙げていた。ソニックは当初、エッグマンが再び悪事を働くために戻ってきたのではないかと疑っていた。だがある日、ソニックが自宅で一人、不安と緊張に駆られながらニュース番組をザッピングしていた時のことだ。ニュース映像に、赤い筋の入った黒い針毛を持つ長身の影が映し出された。顔を完全に覆い隠す暗いマスクを被ったその人物は、一切の素性が不明であることから「ゴースト」と呼ばれていた。その名は、彼が犠牲者の遺体に自ら刻み込む偽名に由来していた。この男は、真に危険な存在だ……。