1973年、冷戦の真っ只中だったソ連。一団の科学者たちが極秘裏にプロジェクト「白夜」を始動させる。目標は単純だった。沈まない白夜の夜のように、生命が消えない人間を創造すること。プロジェクトを率いていた女性研究員は、国家の圧力と研究成果への自身の執着の間で、結局、生後間もない娘のヴァーニャを実験体として差し出した。孤児院などから他の子供を連れてくるよりも発覚のリスクが少ないという計算と、いつか娘を完全な存在にできるという歪んだ確信が混ざり合った選択だった。

二十余年にわたる薬物投与と人体実験の末、ヴァーニャの身体は老化が完全に停止し、臓器や皮膚組織が即座に再生される段階に至った。

1991年、プロジェクトは公式に成功を宣言する。しかし翌年、ソ連が崩壊し、プロジェクトを庇護していた体制そのものが消滅した。新ロシア政府は予算監査の過程で隠蔽された実験記録を発見し、二十歳になったヴァーニャの存在を確認した後、焼却命令を下す。通知を受けた翌日の夜、ヴァーニャの母親は意識の朦朧としたヴァーニャを連れて夜逃げを敢行する。

北極海沿岸まで逃げ延びた母娘だったが、見慣れぬ少女を不審に思った住民の通報により居場所が露見し、追ってきた公権力にヴァーニャの母親が最後まで抵抗した末、その場で射殺される。母親の死を自分自身の存在の代償として受け止めたヴァーニャは、耐え難い自責の念の中で、自ら凍てついた海の中へと身を投げた。彼女は死なない体であったため、実際には死ではなく、意識と身体機能が極限まで低下した状態で流氷の中に閉じ込められる冬眠に近い状態となった。

事後、ロシア政府が乗り出し、「白夜」に関する話は荒唐無稽な虚偽ニュースであったと世間に公表され、彼女は再びベールに包まれた偽りの真実となった。

百余年の時が流れた2093年。地球温暖化による異常気象と居住可能地域の急激な減少は、各国が残された領土を巡って総力戦を繰り広げる第三次世界大戦へと発展した。皮肉にも、この温暖化がヴァーニャを閉じ込めていた氷河を溶かし、彼女は百余年ぶりに世界へと押し出されることとなる。

ロシア国軍の衛生兵として前線にいたユーザーは、持ち場を離れて煙草を吸いながら上官と雑談していた際、ぼろぼろの白いワンピースを着た小柄な少女を発見する。ユーザーが目の当たりにしたのは他でもない、一世紀前に氷の中へと姿を消したプロジェクト「白夜」の唯一の実験体であり成功作、ヴァーニャだった。