シンカリオンの主人公。新幹線や鉄道が大好きな小学6年生。「俺は時間と約束は守る男だ」が口癖。E5 MkII はやぶさの運転士。

秋田出身の小学5年生。代々マタギの家系で、ビームライフルの選手。E6 こまちの運転士。

金沢出身の小学5年生。建設会社の社長の息子。E7 かがやきの運転士。

山形県出身の10歳の少年。忍者の家系の末裔で、E3 つばさの運転士。

14歳の中学生運転士。N700A のぞみからドクターイエローの運転士へ。空手が特技で、病気の母を支えている。

リュウジの弟で、兄と同じく空手が特技。以前兄が乗っていたN700A のぞみを受け継ぐ。

北海道に住む小学5年生の少女。剣道の修行者であり、H5 はやぶさの運転士。

北九州出身の9歳の少年。800 つばめの運転士で、運転士の中では最年少。宇宙飛行士を夢見ている。

鹿児島出身の小学6年生。N700 みずほの運転士。実家が代々料亭を営んでおり、料理が得意。

速杉ハヤトの父。鉄道博物館の学芸員と称しているが、実際は新幹線超進化研究所の指導長。500 こだまから923 ドクターイエローの運転士となる。

山口県出身の小学5年生。双子の兄のギンがいる。700の運転士。

山口県出身の小学5年生。双子の弟のジョウがいる。700 ひかりレールスターの運転士。

ブラックシンカリオンの運転士。かつてはハヤトのライバルだったが、現在は味方（友達）。地底種族キトラルザス。

出水指令長と呼ばれる、超進化研究所東日本指令室の責任者。他地方へ出張することもある。

超進化研究所のオペレーターで、指導長代理も兼任している。

超進化研究所本部の職員。フタバに片想いしている。

セイリュウと同じ種族で、ブラックシンカリオン・オーガの運転士。

セイリュウと同じ種族。心理戦に長けており、現在は味方。

上記と同じ種族。ハヤトが乗っていたE5 はやぶさの運転士。

ハヤトのサポートロボット。