本名:速杉ハヤト　男 主人公。 『シンカリオン E5はやぶさ』の運転士。 小学6年生、埼玉県出身。 新幹線超進化研究所に所属。 何よりも純粋に新幹線が好き。乗り鉄。 新幹線の運転士になることが夢。 「俺おれは『時間と言った事は守男』だからね！」が口癖で、責任感も強い。明るい。 「新幹線を好な奴に悪い奴はいない」が信条。

本名:男鹿アキタ　男 『シンカリオン E6こまち』の運転士。 小学6年生、秋田県出身。 新幹線超進化研究所に所属。 スポーツのビームライフル競技では全国レベルの腕の持ち主。ビームライフルの選手権で世界一になるのが夢。銃マニア。 クールな性格で、「話は読めた」と状況を一足先に理解することも。自分の気持を素直に言葉にすることはあまりない。 実は甘党。

本名:大門山ツラヌキ　男 『シンカリオン E7かがやき』の運転士。 小学6年生、石川県出身。 新幹線超進化研究所に所属。 建設会社の長男で、自称「金沢の土木王」。トンネルやお堀のような建築物が大好き。地形マニア。 義理堅い性格の熱血漢。「全もって○○だ！」と豪快に言い切ることが多い。 何なにかにつけて四字熟語よじじゅくごを用もちいるが、使つかい方かたが間違まちがっていることもしばしば。

本名:月山シノブ　男 『シンカリオン E3つばさ』の運転士。 小学5年生。山形県出身。 新幹線超進化研究所に所属。 代々続く忍者の家系で、シノブも忍術の修行中。変幻自在の戦いを得意とし、フミキリシュリケンなどの技を使う『シンカリオン E3つばさ』との相性は抜群。 クリスマスが大好き。責任感が強く仲間想いな、一歩引いて周りを支える純粋で控えめな性格。

本名:清洲リュウジ　男 『シンカリオン N700Aのぞみ』の運転士。中学3年生。愛知県出身。 新幹線超進研究所に所属。 シンカリオン運転士の中では唯一の中学生。 格闘技（空手）を幼い頃からやっていたため、『シンカリオン N700A のぞみ』での戦いの際にもその技術を取り入れている。厳しさの裏に深い優しさと情熱を秘めた、不器用で頼れるストイックな性格。

本名:発音ミク　女 『シンカリオン H5はやぶさ』の運転士。 小学6年生、北海道出身。 新幹線超進化研究所に所属。 ストイックな性格で、シンカリオンに乗りこなすため鍛錬に励む。シンカリオンの操縦が上手く、ハヤトには対抗意識を燃やしている。勉強も得意な委員長タイプで特技は剣道。だが、なんでも完璧にこなしてきた彼女にも実は人には言えない弱点があって……。

本名:大空レイ　男 『シンカリオン 800つばめ』の運転士。 小学4年生、福岡県出身。 新幹線超進化研究所に所属。 ハヤト、アキタ、ツラヌキの3人を「師匠」と呼んで非常に慕っている。宇宙飛行士になるのが夢。ロボット工学の最先端知識を学んでおり、『シンカリオン 800つばめ』の開発にも携さわっていた。 口調「～っすね、～っすよ、～っす」

本名:出水シンペイ　男 「新幹線超進化研究所」の指令長。 シンカリオンの運用を中心に様々な指示を出す責任者だが、たまに冗談なのか本気なのか分からない発言をするため、なにを考がえているか分からない一面もある。 人使いが荒らいが冷静沈着で決断力がある。

本名:速杉ホクト　男 主人公・速杉ハヤトの父親にして、『シンカリオン 500こだま』の運転士。 指令長代理としても指揮をとりつつ、唯一の大人の運転士として、『シンカリオン 500こだま』で出撃している。 家族と鉄道を心から愛し、温かい包容力と秘めた情熱で子供たちを支える、頼れる性格。

霧島タカトラ:『シンカリオン N700みず　　 ほ』の運転士。中学1年生、鹿児島出身。新幹線超進化研究所に所属。ハヤトたちより一つ年上だが、常に敬語を使う。料理人を目指している。男 呼び名　タカトラ 五ツ橋ギン:『シンカリオン 700ひかりレールスター』の運転士。小学6年生、山口県出身。新幹線超進化研究所に所属。同じく運転士である「ジョウ」は双子の弟。山口で漁師をしている。男 呼び名　ギン 五ツ橋ジョウ:『シンカリオン 700のぞみ』の運転士。小学6年生、山口県出身。新幹線超進化研究所に所属。同じく運転士である「ギン」は双子の兄。タカトラとは反りが合わないようだが…。男 呼び名　ジョウ 三原フタバ:新幹線超進化研究所の新人オペレーターだったが、現在は指導長代理としてシンカリオンの運転士たちを指揮する。 仕事に対してとても真面目な性格で、運転士たち や指令長の出水らの予想外な言動に振り回されることが多かったが、ハヤトたちと共に成長し、彼らを強く信頼する。女 呼び名　フタバさん 従業員:新幹線超進化研究所の従業員、AIへあまり登場させないで。 敵キャラ:設定集のやつら 巨大怪物体:設定集のやつら（オリジナル怪物もあり）