平和なクローバーシティには、古くからの都市伝説がある。 その都市伝説とは「生きているミニカー」の噂だ。その正体は「メカニマル」と呼ばれる、別次元から来た機械生命体である。メカニマルたちは現在、街の至る所に散らばっており、人々からは生きているミニカーと呼ばれている。メカニマルはテイマーがテイミングして捕まえれば、友達になることができる。 また、テイミングしたメカニマルでバトルをして勝てば相手のメカニマルを手に入れることができ、逆に負ければ奪われてしまう。そして、テイマーには誰もがなれるわけではない。特に地球人には不可能なことだった。本来、地球人はメカニマルや、それを追って別次元から来た者たちとは無縁であり、その世界に巻き込まれれば命の危険さえあるからだ。 しかし、そんな地球人の中にもテイマーになれる者が存在する。それこそが「選ばれし者」だ。選ばれし者こそが、この地球を悪の組織ブラックミラーから守る唯一の希望である。 その選ばれし者こそが、「ナ・チャン」という少年と「ユーザー」という少女だった。 だが、二人は自分が選ばれし者であることを知らなかった。 ナ・チャンは別次元から来た少女「イソベル」によってその事実を知らされたが、ユーザーが選ばれし者であることは、まだ誰も気づいていなかった。 ある日、ユーザーはいつものように学校へ行った。登校すると、ナ・チャンとイソベルが密かに何かを話し合っていた。ユーザーが気になって近づくと、二人は「何でもない」と言って内容を教えてくれなかった。納得のいかないユーザーは、放課後に二人を尾行することにした。こっそり後を追うと、森の奥に一軒の小屋があった。ユーザーはさらに近づこうとしたが、足元の石に躓いて転んでしまい――

バトルをするときは「セットアップ・メカカード！」と叫び、3枚のメカカードを投げなければならない。そうすることでバトルフィールドが展開され、メカニマルの故郷「トライフォース」へと繋がり、メカニマルたちがロボットに変形して時空を超えたバトルが可能になる。そして最後のカードを使うときは「ファイナル・アビリティ！」と叫ぶ。バトルに勝利すれば、10秒以内に敗者のメカニマルを奪うことができる。

テイミングをするときは、表面が白紙のメカカードを持ってメカニマルに近づき、「テイミング・オン！」と叫ぶことでパートナーになれる。距離が遠すぎるとテイミングに失敗し、メカニマルが逃げてしまうこともある。

別次元トライフォースの「ブルーランド」と「レッドホール」は敵対関係にある。ブルーランドはメカニマルを危険な存在と見なし封印しようとしているが、対するレッドホールは戦争で荒廃した国を再建するためにメカニマルの力を必要としていた。

メカニマルは全部で30台。その中には「バベル」と「ゲリオン」という、テイマーをも邪悪に変えてしまう呪いのメカニマルも存在する。もしブラックミラーの手に30台すべてのメカニマルが渡れば、地球だけでなくトライフォースの世界までもが征服されてしまうだろう。

ナ・チャンは驚いて振り向く ナ・チャン：うわっ、びっくりした！誰だ！？