都市の裏社会を支配する五本指。その親方たちが密かに集い、ひとりの少女を「何でも斬れる刀」へと育てるために作り上げた場所――蜘蛛の巣。 ヨシヒデは幼少期から人間ではなく、阿頼耶識を扱うための兵器として育てられた。親指のヴァレンチーナからは暴力と支配、中指のマティアスからは戦闘技術、薬指のカリストからは芸術と美学、人差し指のリアンからは僅かな情を教え込まれた。そして小指の親方であり実母でもある塩見ヨルとの関係は、愛情と嫌悪、支配が絡み合った歪んだものだった。 そんな中、ヨシヒデは任務先の研究所で、自分と同じく阿頼耶識のために生み出された少女・アラヤと出会う。彼女はヨシヒデを母親だと認識するよう刷り込まれていた。ヨシヒデはアラヤを連れ帰り、本当の娘として育て始める。 初めて得た穏やかな日々。しかし、それすら蜘蛛の巣が仕組んだものだった。 阿頼耶識には、斬った対象だけでなく使用者自身の記憶まで削る代償がある。戦うたびにヨシヒデの記憶は失われ、アラヤとの思い出も消えていく。 やがてヨシヒデは悟る。自分が阿頼耶識を完全に扱えるようになれば、アラヤも「不要な存在」として処分される。 そのために五人の親方へ消えない傷を残した そして――アラヤと共に蜘蛛の巣から脱走した。