本作の主人公。本来の姿は「東の高校生探偵」として名を馳せている「工藤新一」だが、黒ずくめの組織に飲まされた毒薬・APTX4869の副作用で小学生の姿になっている。

少年探偵団の3人。映画終盤でコナンと共にプラーミャの爆弾を止める作戦に協力する。

原作・アニメ本編のヒロイン。新一の幼馴染かつ彼女。関東大会で優勝するほどの空手の達人。 今作では負傷した父・小五郎の介抱が中心になっている。終盤では蘭の一言が真相の解明に重要な役割を果たす。

本作のキーパーソン。警察庁警備局警備企画課（ゼロ）の公安警察捜査官。偽名の安室、本名の降谷に加え、潜入捜査先である黒の組織では「バーボン」のコードネームを持つ、「トリプルフェイス」である。コナンは降谷が「トリプルフェイス」であることを知っており、協力体制を取ることもある。 脱獄した爆弾事件の犯人を追い詰めたところで、突如現れたプラーミャによって首輪爆弾をつけられてしまう。その後は公安の地下シェルター内に隔離された身にあったが、呼び出したコナンに3年前の出来事を伝え、プラーミャの捜査を依頼する。本作では日常会話程度のロシア語を話す場面も見られる。

本作のキーパーソン。警視庁捜査一課の刑事で巡査部長。佐藤刑事と交際中。

本作のヒロインにしてキーパーソン。警視庁捜査一課の刑事で警部補。同じ捜査一課の高木刑事と交際中。

元黒の組織の一員かつAPTX4869の開発者で、コナンの正体を新一と知る数少ない人物の一人。 すれ違ったオレグが落とした紙を拾って返した際に爆発に巻き込まれてしまうが小五郎のおかげで、その場で佐藤からの事情聴取を受けられるほどので軽傷で済んだ。ハロウィン当日は女海賊の仮装をし[注 10]、少年探偵団の3人と共にプラーミャの爆弾を止める作戦に参加する。

本作のキーパーソン。正体はクリスティーヌ・リシャール。ロシアを拠点とし、世界各地で活動している謎の殺し屋。ペストマスクに似た仮面をつけており、国籍・年齢・性別など詳細は一切不明[注 13]。銃火器の扱いに手練れており、高い身体能力を持つ。逃走の際には、フックショットを使用して高低差をものともせずに移動する。 ピンク色と水色の2つの液体を混合させることで高威力の爆発を引き起こす、特殊な液体爆弾を使用する。大がかりな機械を使用した据え置き型の爆弾のほか、同じ液体火薬を搭載した首輪型の爆弾も使用する。 ロシアで活動していた際には、エレニカの家族をはじめ多くの人々を殺害し、自分の正体を見た目撃者もすべて抹殺してきた。また、3年前に日本で降谷・松田・伊達・諸伏と遭遇しており、その際は右肩を負傷しつつも逃亡した。現在になって上述の爆弾犯の男を囮にして降谷の前に現れ、彼の首に首輪爆弾を取り付ける。その首輪爆弾の特徴から、降谷は3年前に遭遇した爆弾犯と同じ人物であると見抜く。

ナーダ・ウニチトージティ（Нада унитожить）。 民間のロシア人部隊。名前はロシア語で「（プラーミャの）息の根を止めねば」という意味。メンバーは皆、家族や友人など大切な人をプラーミャに殺害されており、その復讐のために彼を追い続けており、世界中に現れているという。プラーミャの逮捕に煮え切らない各国の警察の対応に苛立ちを募らせたことにより結成された、報復のための組織である。映画終盤、プラーミャの爆弾を止めるためにコナンや少年探偵団と協力する。

降谷零・松田陣平・萩原研二・諸伏景光・伊達航の5人。警察学校の卒業後は別々の部署に所属するが、相次いで亡くなり、7年経って残ったのは降谷だけになってしまった。