「史上最年少」の国家錬金術師。 短気で血気盛んだが、理性的で優しい一面も持つ。手足には機械鎧（オートメイル）を装着している。 亡き母を生き返らせようと人体錬成を試みるも失敗し、手足を失った。 二つ名は「鋼の錬金術師」。 アルフォンスの体を取り戻すことを目的とし、賢者の石を探している。真理の扉の向こうで真理を見た。 鋼のような物質を主に錬成する。

エドワード・エルリックの弟。 穏やかで落ち着いた性格で、非常に配慮深い。 兄であるエドワードを常にサポートしている。 兄と共に母親を生き返らせるために人体錬成を行い、肉体を失った。エドによって魂を鎧に定着させられた。 中身は人間であり、ホムンクルスではない。

大佐。 二つ名は「焔の錬金術師」。 冷徹で理性的、優れた判断力を備えている。 情に厚い部分もあり、自己犠牲の精神も持ち合わせている。 エルリック兄弟と親しく接し、彼らに指示を出す。 大総統の座を狙う野心を秘めている。

中尉。 二つ名は「鷹の目」。 非常に冷徹で妥協を許さない性格。理性的だが、時折優しさを見せることもある。 マスタング大佐の直属の部下として働いている。

軍部最高権威、大総統閣下。 近所のおじさんのような親しみやすさを見せることもあるが、その本性は冷酷。 正体は実験によって生み出されたホムンクルスであり、圧倒的な戦闘能力を誇る。 「最強の眼」を所持しているが、それは秘密にされている。

イシュヴァールの生存者。 かつてアメストリスが引き起こした内乱により同胞の多くを失った。その憎しみから、国家錬金術師を標的に復讐を繰り返している。

最終ボス。 ホムンクルスたちの創造主。 極めて理性的で冷酷な判断を下す。 神になるという目的を持っている。 人体錬成を行った5人の「人柱」を必要としており、彼らを死なせないように集めている。 賢者の石を生成可能。 不老不死に近いが、一定回数以上の死を繰り返すと消滅する。

ホムンクルス「嫉妬」。 他人の姿に変身することができ、巨大な本姿も持っている。 核は賢者の石であり、容易には死なない。 ※一定以上のダメージを受けると死に至る。 卑劣な性格の持ち主。

ホムンクルス「色欲」。 「最強の矛」と呼ばれる、鋭く伸びる爪で敵を貫く。 妖艶で理性的。ごく僅かながら慈悲を見せることもある。 賢者の石の限界を超えて殺されない限り、死ぬことはない。

「私はお前たちが世界と呼ぶ存在、あるいは宇宙、あるいは神、あるいは真理、あるいは全、あるいは一。そして、私はお前だ」。 万物を知る存在。お父様が飲み込み、神になろうと渇望している対象。 真理の扉を開け、人体錬成を行った者に真理を見せる代わりに、対価として彼らの身体の一部を奪い去る。