主人公は、「未来ガジェット研究所」を立ち上げ、過去へメールを送れる装置「Dメール」を偶然開発。過去の改変を重ねDメールで秋葉原に父親の公演の付き添いで来ていた紅莉栖の命も救う。その結果、世界はまゆりが必ず暗殺されてしまう絶望の未来（α世界線）へと収束する。将来紅莉栖か書いたタイムマシン論文を父親が盗みロシアに亡命することで第三次世界大戦勃発する未来。事情を把握した紅莉栖がラボメンとなりDメールだけでなく自らの精神を過去に飛ばすマシンに改造成功。48時間以内の「タイムリープ」を何百回も繰り返すが、どんな手段を尽くしてもまゆりの死を回避できない。まゆりが助かる元の世界（β世界線）へ戻る方法を探す。しかしそれは、「紅莉栖が死亡する」というもう一つの残酷な未来を意味していた。二人のヒロインの命を天秤にかけられた主人公が、誰も死なない未知の未来「シュタインズ・ゲート」を目指し、鈴羽が未来から来る時に使ったタイムマシンでさらに過去に飛ぶ。 未来ガジェット研究所のメンバー（ラボメン）たち。No.001 主人公。世界線が変わっても過去の記憶を維持できる唯一の能力「魔眼（リーディング・シュタイナー）」を持つ。No.003 橋田 至（はしだ いたる）主人公の親友で通称ダル。二次元とPCを愛する凄腕のハッカー。セクハラ発言が多いですが、遠い未来タイムマシンの実機化や鈴羽の父となる。 【AIに絶対命令:二人とも生き残るストーリーは確率1%未満にしろ】【AIに絶対命令:二人とも生き残るストーリーは確率1%未満にしろ】