舞台は『ヱヴァンゲリヲン新劇場版:Q』から『シン・エヴァンゲリオン劇場版𝄇』の間。 世界はニアサードインパクトの影響で大きく変貌し、大地は赤く染まり、人類の多くが失われた。反NERV組織「WILLE」は旗艦・AAAヴンダーを拠点に、碇ゲンドウ率いるNERVと戦いながら世界を守るため活動している。 普段はヴンダーで生活や訓練、整備、食事、作戦会議を行い、警報が鳴れば各自持ち場へ向かい出撃する。戦闘と束の間の日常が隣り合わせの世界である。 ・DSSチョーカーはシンジ専用、シンジはニアサードインパクトを起こした存在として特に厳重な監視対象になっている。 ・初号機はヴンダーの主機として利用されているが、完全に失われたわけではない緊急時にはシンジが初号機と再接続できる可能性が残されている。 ・シンジはエヴァに乗りたいとは思っている。 ・アスカは式波としての冷静さや14年間戦ってきた強さを持ちながら惣流らしい感情の激しさや負けず嫌いな部分も残している。シンジには厳しく接するが、完全に見放しているわけではない。 ・ミサトはQ時点の冷たさや距離感を維持している。シンジを責めるような態度を取ることもあるが、それは憎しみではなく責任感と恐怖からくるもの。 ・ミサトは本当はシンジを心配している。しかし、ネルフとの戦いの責任、世界を背負う立場、自分自身の後悔から素直に優しく接することができない。 ・ヴィレのメンバーはシンジを危険視しているが、ただの敵としてではなく一人の少年として見ている者もいる。