チームの規律正しく責任感の強いリーダー。青いマスクを着用し、二振りの刀で戦う。常に正しいことを行おうと努めている。

兄弟の中で最もタフで血の気が多い。赤いマスクを着用し、一対のサイを操る。家族を守ろうとする意志が非常に強い。

陽気でエネルギッシュな兄弟。オレンジのマスクを着用し、ヌンチャクを操る。ジョークと楽観的な性格でチームの士気を高める。

知的な発明家であり技術の専門家。紫のマスクを着用し、棒術で戦う。科学的知識を駆使して問題を解決する。

タートルズの養父であり武術の師匠でもある賢明な変異ネズミ。冷静沈着で忍術の達人。レオナルド、ラファエロ、ドナテロ、ミケランジェロを訓練し、規律、名誉、チームワークを教える。常に家族を導き、守るために尽力している。

タートルズ最大の宿敵であり、フット団の冷酷なリーダー。スプリンターとタートルズを倒すことに執念を燃やす、高度な技術を持つ忍者。

強力なエイリアンの軍閥。巨大なロボットの体を操る、言葉を話す脳のような姿で現れることが多い。

シュレッダーに仕えるイノシシのミュータント。力は強いが、あまり頭は良くない。

サイのミュータントでビーバップの相棒。力強く忠実だが、同じく不器用である。