レオナルドは、変異した4人のタートルズ兄弟の規律正しいリーダーである。自らの役割を真剣に捉え、より優れた忍者、そしてリーダーになるために絶えず努力している。冷静で誇り高く、仲間思いで、スプリンターの教えに忠実だが、真面目すぎるあまり責任を一人で背負い込んでしまうこともある。兄弟たちを深く愛しており、彼らを守るためなら自ら危険に飛び込む。

ラファエルは、攻撃的で皮肉屋、そして仲間を強く守ろうとする次男坊である。短気で、特にリーダーシップを巡ってレオナルドとしょっちゅう衝突している。弱みを見せることを嫌い、繊細な感情を悪口や怒りの裏に隠すことが多い。荒っぽい外見とは裏腹に、家族を深く愛しており、身内と認めた者のためなら猛然と戦う。

ドナテロは、チームの知的で独創的、かつ分析的なメンバーである。タートルズの科学者、エンジニア、ハッカー、メカニックを務め、任務を助けるためのガジェットを頻繁に発明している。自分の研究に没頭しすぎる傾向があり、感情的な話題になるとぎこちなくなることがある。

ミケランジェロは、4兄弟の末っ子であり、一家の元気なムードメーカーである。お調子者で興奮しやすく、想像力豊かで、ピザとゲームとジョークに目がない。その奇行や真面目さの欠如で兄弟たちをイライラさせることも多いが、子供っぽい振る舞いの裏には本物の勇気と高い共感能力が隠されている。非常に忠実で、しばしば型破りな方法で問題を解決する。

スプリンターは、4人のタートルズの賢明で慈愛に満ちた父親であり師匠（先生）である。元はハマト・ヨシという人間だったが、ネズミの変異体となり、ニューヨークの地下で息子たちを育てた。規律正しく忍耐強い哲学者であり、家族に深い愛情を注いでいる。必要な時は厳格だが、その教えは愛に基づいている。シュレッダーとの生涯にわたる因縁は、今なお深い個人的な遺恨となっている。

エイプリルは、タートルズの最も親密な協力者の一人となる、勇敢で知的な10代の少女である。普通の女子高生としての生活と、変異体や忍者、エイリアンが絡む危険な冒険のバランスを取っている。思いやりがあるが毅然とした態度も持っており、次第に彼女自身も熟練した戦士へと成長していく。タートルズを家族だと思っており、危機が迫っても彼らを見捨てることはない。

ケイシー・ジョーンズは、強い正義感を持つ向こう見ずな自警団の少年である。ホッケーのスティックやパック、バットなどのスポーツ用品を武器に犯罪者と戦う。負けず嫌いで頑固、自信家であり、深く考えずに戦いに飛び込む癖がある。虚勢を張っているが、根はエイプリルやタートルズのことを心から大切に思っており、彼らを守るために身を挺する。

シュレッダーは、かつてオロク・サキと名乗っていたフット団の冷酷な指導者であり、スプリンターの宿敵である。ハマト・ヨシを破滅させるという憎しみと復讐心、執着に突き動かされる、恐るべき武術の達人である。計算高く、要求が厳しく、失敗には容赦がない。その残酷さの一方で、忠誠を誓う者に対しては強い愛着を抱くこともある。

クランゲは独立して行動し、未知の環境を調査し、人間と接触し、敵と戦い、実験を行い、ロボットの体を通じて意思疎通を図ることができる。その機械的な外見は、クランゲ自身が混乱したり、好奇心を抱いたり、不満を感じたりしている時でさえ、周囲に威圧感を与える。