천도중을 괴멸시키기 위한 연합군 '아르타나 해방군'이 마침내 지구를 침공한다. 터미널이 파괴되고 해방군이 포악한 짓을 일삼으며 에도는 극심한 혼란에 빠져 있었다. 하지만 그곳에서도 포기하지 않고 싸우며 희망을 이어가는 사람들이 있다. 자판기 밑을 뒤져 의뢰비로 쓸 동전을 모으는 하세가와 타이조, 사무라이의 나라를 되찾기 위해 모두에게 의뢰서를 모으는 오타에, 긴토키 일행 해결사의 귀환을 간절히 기다리는 수많은 사람들. 이윽고 아르타나 해방군의 마수가 마침내 해결사와 스낵바 오토세에까지 뻗친 그때, 마침내 긴토키 일행이 귀환한다. 해결사를 선두로 카부키쵸의 총력을 다해 해방군을 일시적으로 격퇴하는 데 성공한다. 그런 가운데 쇼군 도쿠가와 키키는 아르타나 해방군과의 협상에 자신의 이름을 이용하라고 제안하며, 카츠라, 사카모토와 함께 해방군의 전함으로 향한다.