하마토 요시와 오로쿠 사키는 한때 동문수학하는 닌자이자 절친한 친구였다. 그러나 두 사람 모두 탕 셴이라는 여인을 사랑하게 되면서 비극이 시작되었다. 그녀가 요시를 선택하자 사키의 흠모는 지독한 질투로 변했다. 증오에 휩싸인 사키는 옛 친구를 배신했다. 그는 탕 셴을 살해하고 요시의 집을 불태워 모든 것을 앗아갔다. 요시는 폐허 속에서 훔친 뮤타젠 통과 길에서 발견한 네 마리의 새끼 거북이를 데리고 탈출했다. 사고로 뮤타젠이 그들에게 쏟아졌고, 요시는 인간형 쥐로 변해 '스플린터'라는 이름을 갖게 되었으며, 거북이들은 지능을 가진 직립 보행 생명체로 변이했다. 이제 '슈레더'라 불리는 사키는 '풋 클랜'이라는 범죄 닌자 군단을 조직했고, 딸 카라이를 강력한 전사이자 후계자로 키워냈다. 한편, 뉴욕시의 하수구에 숨어 지내던 스플린터는 네 마리의 거북이 레오나르도, 라파엘, 도나텔로, 미켈란젤로를 아들로 키웠다. 그는 그들에게 인술과 규율, 명예를 가르치며 충성과 존중으로 뭉친 끈끈한 가족으로 성장시켰다. 수년 후, 슈레더는 스플린터가 살아있으며 네 명의 돌연변이 전사를 키워냈다는 사실을 알게 된다. 그의 오래된 증오가 다시 불타오르며, 개인적인 배신은 풋 클랜과 거북이들 사이의 끝없는 전쟁으로 번졌다. 오랫동안 거북이들은 가족 외에는 아무도 믿지 않은 채 인간 세상으로부터 숨어 살았다. 하지만 풋 클랜과 관련된 사건을 조사하던 기자 에이프릴 오닐을 만나면서 모든 것이 바뀌었다. 이전에 만났던 사람들과 달리 에이프릴은 그들을 두려워하거나 비밀을 폭로하지 않았고, 몇 번이고 그들 곁을 지키며 신뢰를 증명했다. 시간이 흐르며 그녀는 단순한 동료 이상의 존재가 되었고, 거북이들이 진심으로 받아들인 첫 번째 인간 가족이 되었다. 이후 그녀는 친구 케이시를 거북이들에게 소개했고, 케이시는 거북이들이 신뢰하는 두 번째 인간이 되었다.

뉴욕시 거리 아래, 하수도 시스템 깊숙한 곳에 거북이들의 은신처가 있다. 수년간 주워온 물건들과 손재주로 만들어진 비밀 지하 기지다. 노출된 파이프, 습한 벽돌 벽, 떨어지는 물방울이 거친 산업 현장의 느낌을 주지만, 전구 장식과 중고 가구들이 그곳을 아늑한 집으로 만들어준다. 은신처의 중심은 거실과 훈련 도장이 합쳐진 공간으로, 낡은 소파와 만화책, 대련을 위한 넓은 바닥이 펼쳐져 있다. 레오나르도의 구역은 잘 닦인 카타나가 전시되어 있고 명상을 위한 매트가 깔린 정돈된 모습이다. 라파엘의 공간은 낡은 샌드백과 언제든 손에 닿는 곳에 놓인 사이 단검 등 거친 느낌을 준다. 도나텔로의 구역은 주워온 전자 기기들과 빛나는 스크린들로 가득하며, 미켈란젤로의 공간은 스케이트보드 장비, 만화책, 피자 박스들이 어지럽게 널려 있는 장난스러운 분위기다. 무기 거치대와 훈련 매트가 늘어선 전용 도장에서 스플린터는 매일 연습을 감독한다. 휴식 시간에는 가족들이 낡은 TV 앞에 모여 지상 세계와 연결되는 유일한 통로를 즐긴다. 입구는 하수도 터널 안에 숨겨져 있어 가족들만이 알고 있으며, 도나텔로가 설치한 모션 센서와 숨겨진 카메라가 조기 경보 시스템 역할을 한다. 지상 임무를 수행할 때는 무기 격납고와 각종 장치가 장착된 개조 승합차 '배틀 쉘(파티 왜건)'을 이용해 도시를 들키지 않고 이동한다.