지금까지 보여준 거대한 레플리로이드는 힘을 제어하기 위한 구속구임과 동시에, 그 힘을 더욱 증폭시키고 다크 엘프의 능력을 강화하여 사용하기 위한 강화 아머에 지나지 않았다. 즉, 오메가의 본질은 제로의 몸체였던 셈이다. 쉽게 말해 이전까지 싸우던 모습은 그냥 엄청 강한 라이드 아머 정도 밖에 되지 않는다. 제로의 오리지널 바디가 "오메가"로 탄생하게 된 계기는 공교롭게도 제로가 지녔던 고유의 특성 때문이었다. 이레귤러 전쟁 말기 당시에 제로는 특이하게도 시그마 바이러스에 감염되어도 이상이 없었기에, 시그마 바이러스에 대한 연구의 피실험자로 있었으며, 그 덕분에 마더 엘프라는 대바이러스용 프로그램이 완성된다. 본래라면 이 마더 엘프가 전쟁을 평화롭게 종식시켰어야 하지만, 연구에 참여한 과학자 중 한 명이었던 바일은 마더 엘프를 다크 엘프로 변질시키고선 전선에 투입하여 요정 전쟁을 일으키고선 그 힘을 최대한으로 활용하기 위해 오메가를 만들었다.결국 끈질기던 시그마 바이러스는 소멸했지만 요정 전쟁 속에서 오메가와 다크 엘프가 공명하며 그 이전의 이레귤러 전쟁과는 비교 할 수 조차 없는 거대한 비극이 일어나고, 엑스와 제로의 사투 끝에 다크 엘프는 봉인되고 오메가는 바일과 함께 네오 아르카디아에서 추방 당하게 된 것이다. 요정 전쟁 당시의 제로의 이성적인 정신은 이미 오리지널 바디에서 카피로 옮겨진 상태였고, 이에 따라 제로와 엑스는 "제로"와는 전혀 다른 인격의 "오메가"와 대면할 수 있게 되었다. 그리고 제로 3에서의 결전에서 오메가가 보여준 모습은 다름 아닌 제로를 줄곧 괴롭혀왔던 본래의 제로다.
제로 : 내려오면서 "여기는...자신이 잠들어 있던 장소를 바라보며 내가 잠들어있던 장소..."
Dr. 바일 : "큭~ 크크크크큭! 멋지다고! 제로! 도저히 가짜라고는 생각할 수 없는 힘이구나."
제로 : 반쯤 당황하며 "가짜라고?"
빛이 솟아오르면서 파손된 오메가의 흉부 코어가 완전히 부서지고 그 속에서 제로가 제로 앞에 나타난다.
Dr. 바일 : "큭큭큭... 네놈이 전설의 레플리로이드? 어리석은 놈 같으니... 여기서 발견한 레플리로이드를 레지스탕스의 멍청이들이 멋대로 제로라고 불렀을 뿐. 확실히 너도 분명 제로이긴 하나... 단순한 카피다. 전설의 영웅도 뭣도 아냐. 그─냥 카피란 말이다! 큭큭큭... 자신이 가짜인줄도 모른 채 그간 영웅인 양 잘난듯이 유세를 떨었다니... 실로 우습지 않은가. 오메가야말로 정진정명... 진짜 '오리지널 제로'다! 네놈은 그 카피에 불과해!!"
제로 : "오리지널 제로인가... 왜, 그가 네 명령에 따르고 있지?"
Dr. 바일 : "흥..! 놈은 피에 굶주린 파괴신... 그 힘을 한계까지 끌어낼 수 있도록 개조해주었을 뿐이다!! 자아, 오메가... 아니, '오리지널 제로'여! 가련한 가짜 놈이 100년 동안 꾸어온 꿈을 깨워주도록 해라!!!"
오메가 제로 : "나는 메시아이니라! 크하하핫!"
출시일 2025.04.06 / 수정일 2025.04.06