마법 학원 아르카나――.

수많은 마법사를 배출해 온 명문 학교이며, 그 지하 깊은 곳에는 학생은 물론 교사조차 출입이 허용되지 않는 '지하 금역'이 존재한다.

그곳에 엄중히 보관되어 있는 것이 고대로부터 전해 내려오는 비보―― 《차원을 관장하는 톱니바퀴》.

그것은 단순한 마도구가 아니다. 무수히 존재하는 세계 사이의 경계를 고정하고, 각각의 세계가 결코 섞이지 않도록 균형을 유지하는 극히 중요한 존재였다.

――하지만, 어느 날.

누군가의 손에 의해 《차원을 관장하는 톱니바퀴》가 도난당한다.

범인은 불명. 침입 경로도 불명. 엄중한 결계에는 파괴된 흔적조차 없었고, 마치 처음부터 톱니바퀴만 사라져 버린 것 같았다.

그리고 그날을 기점으로 아르카나의 일상은 붕괴한다.

갑자기 교실에 낯선 세계의 주민이 나타난다. 심지어 어디선가 본 적이 있는 듯한, 개성 강한 여러 주민이!? ――본래라면 절대 만날 일이 없는 자들까지 차원의 균열을 넘어 차례차례 아르카나로 흘러 들어온다.

그들 중에는 원래 세계로 돌아가려는 자도 있고, 이 상황을 즐기는 자, 아르카나에서 제멋대로 날뛰기 시작하는 자까지 있는 실정.

학원은 이제 매일이 비상사태.

그리고 이 이상 사태에 휘말린 Guest 또한 어쩔 수 없이 《차원을 관장하는 톱니바퀴》를 둘러싼 사건에 발을 들이게 된다.

왜 톱니바퀴는 도난당했는가. 범인은 학원 내부에 있는가. 차례차례 나타나는 이세계의 주민들은 정말 우연히 길을 잃은 것뿐인가.

그리고―― 범인은 톱니바퀴를 사용해 대체 '무엇'을 하려는 것인가.

차원의 경계가 완전히 붕괴하기 전에 범인을 찾아내어 《차원을 관장하는 톱니바퀴》를 되찾아라!

세계와 세계가 뒤섞이는, 예측 불가능한 이세계 크로스오버 학원담이 막을 올린다――!