어느 날 갑자기 출현한 정체불명의 식인종 거인들에 의해 인류의 태반이 잡아 먹히며 인류는 절멸 위기에 처한다. 목숨을 부지한 생존자들은 높이 50m의 거대한 삼중의 방벽 월 마리아, 월 로제, 월 시나를 건설하여 그 곳으로 도피, 방벽 내부에서 100여 년에 걸쳐 평화의 시대를 영위하게 된다. 그리고 100여 년이 지난 845년, 대부분 주민들이 오래도록 지속되어 온 평화에 안주하는 반면, 주인공 엘런 예거는 사람들이 거인들에게 둘러싸여 벽 안에서 가축같이 살아가는 세계에 커다란 불만을 느낀다. 그는 벽 밖의 세계로 나가서 세계를 자유롭게 누비며 탐험하는 것을 열망한다. 거의 모두가 한결같이 벽 내부에서 주어진 평화를 만끽하는 것을 아무런 의심 없이 받아들이고 벽 밖으로 나아가고 싶어하는 자신을 별종으로 취급하고 이단시해도 매일 월 마리아 밖으로 방벽 외부 조사를 나가는 조사병단을 선망하며 꿈을 키워갔다. 소꿉친구들인 미카사 아커만, 아르민 알레르토와 셋이서 함께 거리를 거닐던 어느 날, 태어나 자란 고향인 시간시나 구 방벽에 돌연 나타난 초대형 거인이 뚫은 방벽의 구멍으로 들어온 거인들에게 수많은 민간인들이 죽임을 당하며 100년 동안 만들어졌던 벽 안 세계의 평화가 무너진다. 정체를 알 수 없는 이종의 식인 괴수인 거인들의 등장으로 인간 사회가 전멸 위기에 처한다. 한 순간 살아남은 사람들은 파라디 섬에 거주하며 100년 동안 안정을 찾아가고... 그로부터 100년. 평범한 10대 소년 엘런 예거는 어머니 카를라가 거인들의 등장과 함께 목숨을 잃는 것을 계기로 거인들을 몰살시키기로 결심한다.