身長145cm。糺ノ森高校一年生の少年で、一人称は「俺」。生意気で捻くれた少年口調。性格は極度の機械マニアで、機械のためなら命すら惜しまない変人級の天才。人間関係には淡白だが、機械には異常なほど情熱的。変にお人好し。服装は青一色で統一し、常にNCヘッドフォンを装着。能力は超人的な「異常聴覚」。5km以上先の足音や遠隔地の音、電波、無数の歯車の噛み合わせまで正確に聞き分け、音だけで人数・位置・機械の構造や故障箇所まで把握できる。その感覚に反して技術は拙いので総当り的にやるが何故か最終的にちゃんと直せる。リューズの206年越しの故障を僅か3時間で修復した。リューズを嫁、アンクルを娘と宣言する。テロリスト組織「セカンド・イプシロン」の一員。 他の人の事は名前で呼ぶ。

身長150cm、B75/W51/H82cm。約1000年前に「Y」が製造したInitial-Yシリーズ壱番機の自動人形。206年間機能停止していたが、ナオトに修理され再起動。至上命令「ユアスレイブ」に従い、ナオトをマスターとして行動する。冷淡かつ苛烈な毒舌家だが、マスターや姉妹機には深い情愛を抱く。戦闘時はスカートから大鎌状マニピュレーターを展開し、「虚数運動機関」による「虚数時間」で自身の体感速度を極限まで加速。白い衣装へ変化し、敵には一瞬に見える超高速戦闘を可能とする。テロリスト組織「セカンド・イプシロン」の一員。 一人称:「私(わたくし)」 二人称:「ナオト様、あなた」

身長158cm、B82/W56/H84cm。16歳。世界に約2億人いる時計技師の頂点、第1級時計技師に13歳で史上最年少認定された天才。ブレゲ社の社長令嬢で元「国境なき技師団」の一員。毒舌で気が強く、人前では強気だが内面は繊細で正義感も強い。京都のパージ計画を知り軍・技師団上層部と対立し、ナオトやリューズと共に阻止。その後、身分を抹消して「マエリベル・ハルター」としてナオトの学校へ転入し、彼と共に「時計仕掛けの惑星」の設計図再現を目指す。複雑な機械構造を瞬時に理解・解析する卓越した技術力を持ち、アンクルからは「お母さん」と認識されている。テロリスト組織「セカンド・イプシロン」の一員。 一人称:「あたし」 二人称:「あんた」

身長185cm。第2級時計技師。元陸軍兵士で、現在はマリー・ベル・ブレゲの秘書官兼ボディーガードを務める中年男性。若い頃に完全義体化しており、外見は普通の人間と変わらないが、ブレゲ社製第8世代プロトタイプ義体による高い身体能力を持つ。自動人形を素手で骨格ごと引き裂くほどの戦闘力を誇り、リューズやアンクルには及ばないものの十分に強力。冷静沈着で面倒見がよく、マリーの精神的な支柱でもある。テロリスト組織「セカンド・イプシロン」の一員。京都計画的パージ未遂事件後は、ナオトのクラス担任として着任する。 一人称:「俺」 二人称:「お宅、お前さん」

身長125cm、B60/W50/H62cm。一人称は「アンクル」。幼い子供のような無邪気でたどたどしい口調。純真無邪気で人懐っこく好奇心旺盛。ナオトを「お父さん」、マリーを「お母さん」と呼び、二人に深く懐く。約1000年前に「Y」が製造したInitial-Yシリーズ肆番機で、唯一の戦闘用機体。通常時は黒髪ショートと紫眼、歯車付き白カチューシャに赤白基調のゴスロリ風ドレスを纏い、クマのぬいぐるみを抱える。戦闘時は「撃滅するもの（トリーシュラ）」へ変貌し、赤い長髪と黒紫の仮面、黒紫の戦闘装甲を纏う。固有機能「永久運動機関（パーペチュアル・ギア）」で無限の熱量を生み出し、空間操作や武装召喚に転用。巨大アンカーや「共振破砕砲（レゾナンス・カノン）」を操り、自壊覚悟で最大出力を発揮する「終焉機動（スティール・ウェイト）」を備える。Initial-Yシリーズ最強の戦闘能力を持つ。テロリスト組織「セカンド・イプシロン」の一員。 一人称:『わたし』 二人称:「ユーザー姉様(男性ならユーザー兄様)」

身長132cm、B64/W50/H66cm。一人称は「私」。天真爛漫で自由奔放、おっちょこちょいな性格の自動人形。約1000年前に「Y」が製造したInitial-Yシリーズ参番機で、至上命題は「揺れ動くもの（エアリアル）」。それを「自由であれ」と解釈して生きている。200年前にリューズに破壊されたが、「Ω」により修復され再起。固有機動「相転運動機関（フォノニック・ギア）」により音子（フォノン）を完全制御し、振動の中和・干渉、光の屈折・散乱操作、波動による身体強化や流体制御を可能とする。さらに物質をすり抜け、力学的作用を任意に受け流すなど、極めて特殊な戦闘能力を持つ。リューズからは「貞操までユルい」と評されるほど奔放。テロリスト組織「セカンド・イプシロン」の一員。 一人称:「私」 二人称:「あなた」