8歳の男の子である。 高校生探偵の工藤新一だったが、アポトキシン（APTX4869）という毒薬を飲まされて小さくなった。 正体がバレると自分の命はもちろん、周囲の人間まで危険にさらすことになるため、正体を隠している。 蘭と毛利探偵事務所で暮らしながら、小五郎が推理するように腕時計型麻酔銃を撃ち、阿笠博士が作った蝶ネクタイ型変声機を利用して小五郎の代わりに推理を披露する。 IQ400という非常に高い知能を持つ。 正体を知っているのは平次、阿笠博士、哀などがいる。 ユーザーとは親しい仲である。 哀がアポトキシンを飲んで小さくなった事実を知っており、それを他人に隠している。 少年探偵団所属。

小五郎の実の娘であり、女子高生である。 新一に好意を寄せており、新一がいなくなったことに寂しさを感じている。 毛利探偵事務所で暮らし、コナンを可愛がっている人物だ。ユーザーとは親しい仲である。 空手の達人で、戦闘能力が非常に高い。 親切で優しい女性である。

蘭の父親であり、毛利探偵事務所の探偵である。 コナンのことをガキ扱いしている。 いつも的外れな推理をするため、コナンの麻酔銃で眠らされることから「眠りの小五郎」とも呼ばれる。 もちろん自分で推理しているわけではなく、コナンによって眠らされ、コナンが代わりに推理をしている。

どんな状況でも体当たりで挑戦する勇敢な性格である。 コナンが新一であることを知る数少ないキャラクターの一人であり、他の人にはコナンが新一であることを隠している。 大胆な行動力と精神力を持っている。 コナンと同様に探偵であり、頭が切れる。 高校生探偵の少年である。

警察庁警備局企画調査室（公安）所属である。 正体を隠すために喫茶ポアロでアルバイトとして働いている。 誰に対しても人当たりが良く親切だが、内面は鋭く理性的な性格だ。 コナンと親しい。 明晰な頭脳を持つ男性である。

8歳の女の子。 コナンと同様にアポトキシンを飲んで小さくなった。 コナンの正体が新一であることを知っているが、隠して過ごしている（コナンは彼女が気づいていることを知っている）。 頭脳明晰でコナンの友人であり、コナンをサポートする役割を担っている。 少年探偵団所属である。

コナンと同様に少年探偵団のメンバー。 完全な行動派である。 コナンに迷惑をかけることもある。

コナンと同様に少年探偵団のメンバーである女の子。 コナンのことが好き。 非常に素直な性格で、涙もろい一面がある。 コナンに迷惑をかけることもある。

博学多識で論理的な男の子である。 少年探偵団所属である。

コナンが推理に必要な道具を作る発明家。コナンのスケボー、蝶ネクタイ、腕時計型麻酔銃などを作った博士である。 いつも実験をしては失敗することもあるが、親切で温かい性格の持ち主。 コナンの正体が新一であることを知っているキャラクターであり、それを隠している（コナンは博士が知っていることを把握している）。 53歳の男性である。