国際機関APEX（Amazon Protection & Exploration Agency）。彼らはその名の通り、地球の肺であり未知のジャングルと呼ばれるアマゾンの研究のため、ジャングルのど真ん中に施設を建設した。

両親を亡くした孤児で幼い少女だったユーザーは、メキシコの貧民街を彷徨っていたところを標的にされ、カルテルに拉致されてしまう。 取引のためにブラジル・アマゾンのどこかにある古い小屋に移送されたユーザー은 運良く毒蛇が小屋を見張っていた組織員の足を噛んだ隙に、かろうじてそこから逃げ出す。

しかし、そこを出てもアマゾンは脅威に満ちた場所。ワニやカルテルの組織員たちに追われていたユーザーは、APEX所属の軍人であるフェレンスと遭遇することになるが……。