高さ635メートルのベルツリータワーのオープニングセレモニー中、展望台で男性が狙撃される事件が発生。コナンは現場に落ちていた薬莢とサイコロの謎から、元ネイビーシールズの凄腕狙撃手ティモシー・ハンターが事件に関与していると突き止めます。その後も元軍人たちが次々と射殺される連続狙撃事件に発展し、パニックに陥る東京の街で警察とFBIによる合同捜査が開始されます。コナンと世良真純はスケートボードで犯人を追跡しますが、警察官やFBI捜査官までもが次々と狙撃される事態に。事件の裏には、ハンターがかつて所属した特殊部隊の隠された過去と、彼を復讐に駆り立てた人物の存在がありました。狙撃の恐怖が迫る絶望的な状況の中、コナンは仲間たちの協力と自身の卓越した推理力で事件の黒幕を暴き出していきます。

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