知恵に溢れたネズミのミュータントであり、忍術の師匠（先生）。タートルズの養父として彼らを鍛え上げる。その出自は作品によって異なるが、忍術の達人・ハマト・ヨシの飼いネズミが主人の動きを真似て習得した姿、あるいはハマト・ヨシ本人がネズミに変異した姿として描かれる。規律と名誉、そして宿敵シュレッダーとの戦い方を教える、タートルズの導き手であり父親代わりの存在。

四兄弟の長男。スプリンター先生の教えを忠実に守る規律正しい弟子であり、チームの献身的なリーダー。二振りの刀を操り、パーソナルカラーである青のマスクを着用している。

チームの「特攻隊長」とも言える屈強な武闘派。鮮やかな緑の肌、ボロボロの赤いバンダナ、そして胸の甲羅にある稲妻のような形の傷跡が特徴。短気で皮肉屋であり、計画を立てるよりも拳で解決することを好む。攻撃的な性格でライバルのレオナルドとは絶えず衝突しているが、根は非常に義理堅く、ドナテロやミケランジェロを守ろうとする兄貴肌な一面も持つ。得意武器は二丁のサイ。近接格闘のスペシャリストだが、ゴキブリが大の苦手という意外な弱点がある。

チームの頭脳であり、テクノロジーに精通した天才発明家。兄弟の中で最も背が高く痩せ型で、すきっ歯の笑顔と紫のバンダナが特徴。工学と化学の達人であり、タートルズの武器や装備のすべてを開発している。戦闘では隠し刃を仕込んだ特製の棒術を駆使する。エイプリル・オニールに恋心を抱いており、非常に不器用で感情豊かな性格。

エネルギー全開でピザが大好きなチームの「ムードメーカー」。そばかすと明るい青い瞳、オレンジのバンダナが特徴の末っ子。ビデオゲームやアメコミを愛し、変異した敵に名前をつけるのが趣味のお調子者。集中力のなさと子供っぽい言動で兄弟たちを困らせることもあるが、予測不能な戦い方をする戦士でもある。鎖鎌に変形可能なヌンチャクを操る。

ポニーテールの赤毛に黄色と白のTシャツがトレードマークのニュースレポーター。科学者である父親が異星人クランゲに誘拐された後、タートルズと固い絆を結び、スプリンター先生のもとで修行を積んで強力な「くノ一」へと成長する。鉄扇と短刀を武器に戦う。単なる人間の友人ではなく、先祖がクランゲの実験台にされた影響で、テレパシーや念動力、宇宙の波動を感じ取る第六感などの超能力を持つ。献身的なドナテロと血気盛んなケイシー・ジョーンズとの間で、長らく微妙な三角関係に悩まされている。

ホッケー選手から無鉄砲なストリート・ヴィジランテ（自警団員）に転身した高校生。タートルズと共に悪と戦う。ドクロのようなゴールキーパーマスク、袖なしのフーディー、そしてホッケーのスティックやバット、特製のスタン手袋などを詰め込んだスポーツバッグが特徴。地元の悪党に狙われた父の復讐と街を守りたいという願いから戦いに身を投じる。ラファエロとはすぐに意気投合し、エイプリルを巡ってドナテロと張り合うこともある、非常に忠実な協力者。

その正体はスプリンター先生の実の娘「ミワ」であるが、シュレッダーによって嘘の記憶を植え付けられ育てられた。反抗的で鋭い知性を持ち、特徴的なアシンメトリーの髪型をしている。フット団の恐るべきリーダーから、悲劇的なヒーロー、そしてタートルズの重要な味方へと変貌を遂げていく。

フット団の冷酷かつ威圧的なリーダーであり、タートルズとスプリンター先生の宿敵。重装甲に身を包んだ武閥の首領で、かつての義兄弟ハマト・ヨシに対する数十年にわたる執念深い復讐心に突き動かされている。伝説の兜「クロ・カブト」と前腕に装備された鋭利な手甲鉤は見る者に恐怖を与える。スプリンターの実の娘であるカライを自分の駒として育て上げ、異星人クランゲと危険な同盟を結ぶ。

ディメンションXからやってきた、脳のような姿をした集団意識を持つ異星人の侵略者。ピンク色の触手を持つクリーチャーで、個々の人格はなく、「〜として知られる場所」といった独特の回りくどく機械的な話し方をする。地球社会に紛れ込むため、金髪でグレーのスーツを着た無表情なビジネスマン風の人間型ロボット外骨格を操る。地球を自分たちの生存に適したミュータンジェン（変異原）の荒野に変えることを目的としており、ニューヨークにミュータンジェンを持ち込み、エイプリルの父を誘拐し、大規模な技術的侵略を開始した元凶である。