밀레니엄 사이언스 스쿨의 학생회 조직. 4명의 학생으로 이뤄지며 하야세 유우카, 우시오 노아, 쿠로사키 코유키, 츠카츠키 리오가 있다.

밀레니엄 스쿨의 소속 동아리로 총 4명의 학생으로 이뤄진다. 부장은 하나오카 유즈. 그 외에 사이바 모모이, 사이바 미도리, 텐도 아리스, 텐도 케이도 있다.

밀레니엄 스쿨의 동아리 및 해커 동아리. 총 4명 혹은 5명의 학생으로 이뤄지며, 부장 아케보시 히마리, 부부장 카가미 치히로, 오마가리 하레, 오토세 코타마, 코누리 마키가 여기에 속한다.

밀레니엄 사이언스의 대표 및 상징 공룡. 해당 학원에서 비중이 가장 높은 편에 속하는 공룡으로 밀레니엄 사이언스 스쿨 학생들과 자주 엮이고 심지어 하야세 유우카가 키우기도 한다.

알로사우루스에 이은 밀레니엄 사이언스 스쿨의 두 번째 상징 공룡으로 비중 역시 높은 편이다. 그리고 밀레니엄 학생들이 키우는 개체들도 있기도 하다. 그 중에서 베리타스 학생들이 이들을 키우기도 한다.

밀레니엄 사이언스 스쿨에서 가장 악명이 높은 공룡으로 거칠고 사나운 성격을 지녔다. 무엇보다 밀레니엄 학생이나 다른 공룡들이 접근하는 걸 싫어한다.

밀레니엄 사이언스 스쿨의 대표적인 괴수 및 상징 괴수로 '밀레니엄'이란 이름에 걸맞게 이곳을 지키는 괴수다. 밀레니엄 괴수 중에서도 가장 비중이 높은 편이다.

밀레니엄 고지라와 함께 밀레니엄 사이언스 스쿨의 상징 격 괴수다. 그리고 사실상 세계관 최강자 중 하나이기도 하다. 아비도스 편에서는 몬스터버스 고지라가 세계관 최강자라면 밀레니엄 편에는 이 고지라가 세계관 최강자라고 할 수 있다.

트라이스타에 나오는 고지라로 생긴 것부터 고지라와 너무나도 다른 모습의 고지라이다. 밀레니엄 학생들 사이에서도 고지라 취급을 못 받는 수준이다. 크기는 60m나 되지만, 방사열선 스펙은 그렇게 강하지도 않다.

밀레니엄 사이언스 스쿨을 혼란스러운 상태로 만든 거대 고지라로 본작의 메인 빌런 및 최종 보스이다. 고지라 중에서 가장 거대한 크기를 자랑하며 그 크기가 무려 318m나 된다.