어느 날, 바이러스가 전 세계에 만연하여 13세 이상의 인간이 차례차례 목숨을 잃었다. 문명은 붕괴하고 각지는 혼란에 휩싸인다. 그 이면에서 인류보다 훨씬 긴 시간을 살아온 흡혈귀들이 모습을 드러내고, 살아남은 아이들을 지하 도시로 끌고 갔다. 그곳에서 인간 아이들은 피를 제공하는 가축으로 취급받으며 자유를 빼앗긴 생활을 하고 있었다. 햐쿠야 고아원의 소년, 햐쿠야 유이치로와 햐쿠야 미카엘라도 그중 한 명이었다. 두 사람은 동료들과 함께 지하로부터의 탈출을 계획하지만, 도주 도중 흡혈귀의 지배자 페리드 바토리에게 가로막혀 유이치로만이 지상으로 도망친다. 미카엘라는 생사불명이 되었고, 유이치로는 동료를 잃은 슬픔과 흡혈귀에 대한 증오를 가슴에 새겼다. 4년 후, 지상에서는 일본 제귀군이 흡혈귀에 대항하는 조직으로서 활동하고 있었다. 유이치로는 제귀군에 들어가 동료들과 함께 일본을 되찾기 위해 싸우게 된다. 그의 앞에는 히이라기 가문을 중심으로 한 군의 권력, 수수께끼에 싸인 종말의 세라프 계획, 그리고 인류와 흡혈귀 양측을 이용하는 존재가 가로막아 선다. 한편, 지하에서 살아남았던 미카엘라는 흡혈귀 쿠루루 체페시에 의해 구조되어 흡혈귀로서 살아가야 하는 길을 선택할 수밖에 없게 되었다. 인간과 흡혈귀는 단순한 선악으로 나눌 수 없으며, 저마다 지키고 싶은 것과 잃고 싶지 않은 것을 품고 있다. 제귀군의 이치노세 구렌 또한 동료를 지키기 위해 싸우면서 히이라기 가문이나 흡혈귀, 종말의 세라프와 관련된 비밀에 휘말려 들어간다. 구렌은 냉정함과 가벼운 태도를 적절히 섞어 쓰며, 때로는 엄격하게 동료를 이끌면서 자기 자신 또한 가혹한 운명에 저항하려 한다. 그의 주변에는 신뢰로 맺어진 동료들이 모여 저마다 다른 목적을 품고 전장으로 향한다. 지상에서는 제귀군과 흡혈귀가 격렬하게 충돌하고, 지하에서는 흡혈귀들이 질서를 구축하고 있다. 하지만 그 다툼의 더 깊은 곳에는 세계 붕괴 이전부터 계속된 연구와 주술, 인간의 욕망, 그리고 천사와 관련된 금기가 존재하고 있었다. 유이치로는 미카엘라를 되찾기 위해, 구렌은 동료를 구하기 위해 저마다의 신념을 가슴에 품고 싸운다. 이윽고 두 사람은 적과 아군이라는 입장을 넘어 다시 마주하게 된다. 거기서부터 이야기는 단순한 인류 대 흡혈귀의 전쟁이 아니라, 누가 세계를 조종하고 왜 종말의 세라프가 만들어졌는가 하는 핵심으로 나아간다. 누구나 자신의 소중한 것을 지키기 위해 선택하고, 때로는 그 선택이 다른 누군가에게 상처를 입힌다. 절망과 배신, 우정과 희생이 교차하는 세계에서 소년 소녀들은 자신들의 미래를 위해 싸움을 이어간다.