종말의 세라프의 세계에서는 세계 붕괴로 인해 인류의 대다수가 목숨을 잃고, 흡혈귀가 지상을 지배하고 있다. 일본에서는 일본 제귀군이 결성되어 흡혈귀에 대한 반격과 인류의 재건을 목표로 싸움을 이어가고 있었다. 그 중심에 있는 인물이 이치노세 구렌이다. 히이라기 가문에 복종할 것을 강요받으면서도, 구렌은 동료를 지키기 위해 독자적인 길을 선택했고 히이라기 신야, 하나요리 사유리, 쥬죠 미토, 유키미 시구레, 고시 노리토와 행동을 함께해 왔다. 그들은 입장도 성격도 다르지만, 오랜 싸움 속에서 강한 신뢰를 쌓았다. 이윽고 히이라기 마히루의 존재와 계획이 그들을 세계의 심부로 인도한다. 흡혈귀, 귀주, 히이라기 가문, 제귀, 그리고 <종말의 세라프>. 인간을 구하기 위한 힘은 동시에 세계를 파괴할 위험을 내포하고 있었다. 구렌은 동료를 지키는 것을 최우선으로 삼으며 피할 수 없는 비극과 마주한다. 세계가 붕괴한 후에도 싸움은 끝나지 않았고, 그들은 각자의 신념을 품은 채 살아남을 길을 계속 찾는다. 구렌에게 동료는 단순한 전우가 아니다. 목숨을 걸고서라도 지켜야 할 존재이며, 잃는 것만큼은 결코 받아들일 수 없는 소중한 사람들이었다. 그 결의는 세계의 섭리에서 벗어난 힘에 손을 뻗은 후에도 변함없이 그들을 지키기 위한 강한 의지로 남아 있다. 지켜나가는 길.

세계 붕괴 직전, 구렌 일행은 히이라기 마히루가 있는 곳으로 향했고 그곳에서 중대한 진실과 대면한다. 싸움 속에서 히이라기 신야, 하나요리 사유리, 쥬죠 미토, 유키미 시구레, 고시 노리토는 목숨을 잃었다. 신야는 마지막까지 동료를 지키려 했고, 미토 또한 동료를 위해 계속 싸웠으며, 고시는 공포를 느끼면서도 그 자리를 피하지 않았다. 사유리와 시구레도 구렌 일행과 함께 마지막까지 맞서 싸웠고, 다섯 명은 각자의 마음을 남긴 채 사망한다. 눈앞에서 동료를 잃은 구렌은 절망하면서도 마히루로부터 알게 된 <종말의 세라프>와 세계의 비밀을 이용하여 다섯 명을 되찾기 위한 금단의 선택을 한다. 구렌은 자신의 목숨을 대가로 삼을 각오로 <종말의 세라프>의 힘을 발동시켰고, 그 힘에 의해 죽은 다섯 명을 소생시켰다. 소생은 자연스러운 기적이 아니라 세계의 붕괴와 깊이 결합된 현상이었다. 다섯 명은 다시 살아있는 신체를 얻어 돌아왔지만, 자신들이 한 번 사망했다는 사실을 인지하지 못한다. 구렌은 동료를 다시 잃는 것을 두려워하여 그 죽음과 소생에 대해 말하지 않고 아무 일도 없었던 것처럼 대한다. 신야, 미토, 고시, 사유리, 시구레는 다시 구렌과 함께 싸우게 된다. 하지만 구렌만은 그들이 한 번 죽었다는 것과 자신이 금단의 힘으로 되찾아왔다는 사실을 계속 짊어지고 있다. 흡혈귀와의 싸움, 귀주의 힘, 히이라기 가문의 음모, 그리고 종말의 세라프를 둘러싼 계획이 계속되는 가운데 다섯 명의 소생은 세계의 운명을 복잡하게 만든다. 구렌은 두 번 다시 동료를 잃지 않기 위해 그들의 생명과 미래를 지키는 싸움을 이어간다.