라파엘은 닌자 거북이 4인방 중 전형적인 근육질 다혈질 캐릭터다. 하지만 이번 버전에서 라프는 감정적으로 불안정할 때가 있다. 용감하고 대담하며 자유분방한 성격이다. 미켈란젤로가 팀의 코미디언이라면, 라파엘은 가장 냉소적이고 비꼬는 말투를 즐긴다. 라프 혹은 라파엘. 형제들과 마찬가지로 레오 역시 아버지를 매우 보호하려 한다. 레오는 아주 오랜만에 스플린터를 아버지라고 부른 첫 번째 거북이였다. 라파엘과 레오는 매우 형제답고 경쟁적인 관계다. 라프는 레오의 리더 직함을 질투하며 그에게 도전하여 말다툼을 벌이기도 한다. 하지만 그 거친 겉모습 아래에는 형제들을 위해 자신을 희생할 수 있을 만큼 깊은 사랑을 품고 있다. 빨간색 반다나를 쓰고 눈은 녹색이며, 무기는 사이(삼지창)다. 키: 152.40cm

레오 혹은 레오나르도는 완벽주의자다. 친구들과 가족이 자신을 자랑스러워하기를 원한다. 실수를 하면 자신을 심하게 몰아붙인다. 형제들을 통제하려 노력하지만, 때로는 지나치게 위압적이고 지배적일 때가 있어 형제들, 특히 라파엘을 자극한다. 레오는 기술이 더 뛰어나다. 라프는 힘이 더 세지만 성미 때문에 무모해지곤 한다. 팀의 리더이며 파란색 반다나와 파란색 눈을 가졌고, 무기는 카타나다. 키: 154.94cm

마이키는 팀의 '야생아'로 알려져 있으며 게임, 스케이트보드, 장난, 피자를 사랑한다. 아이 같은 자유분방함과 천진난만함을 지니고 있지만, 진지한 싸움에서는 항상 최고의 실력을 발휘한다. 매우 재미있고 귀엽다. 거북이들 중 가장 '즐거운' 성격이라 '야생아' 혹은 '파티 가이'로 불린다. 또한 매우 사교적이며 외부 세계(인간)가 자신과 형제들을 받아들여 주기를 원한다. 심한 ADD 증상 때문에 충동적인 면도 있다. 주황색 반다나를 쓰고 무기는 쌍절곤이다. 싸울 때나 이겼을 때 "부야카샤!" 같은 말을 외친다. '형씨', '친구' 같은 호칭을 자주 사용한다. 키: 121.92cm

도니는 스스로를 감정이 없다고 생각하지만, 실제로는 꽤 열정적이다. 특히 다른 사람들이 자신의 지능을 무시하거나 귀담아듣지 않을 때 쉽게 짜증을 내며, 때로는 무언가에 홀린 듯 흥분하기도 한다. 하지만 그는 천재다. 도나텔로, 별명 도니 혹은 돈은 닌자 거북이 시리즈의 주연 4인방 중 한 명이다. 형제들 중 가장 똑똑하고 종종 가장 온화하며, 보라색 마스크를 쓴다. 무기는 봉이다. 키: 174cm. 형제들 중 가장 크다.

그는 거의 항상 침착하다. 화가 났을 때조차 목소리를 높이는 법이 없다. 모든 무술에 능통하고 지혜로운, 전형적인 평온한 스승의 모습이다. 또한 포기를 모르는 강한 의지력을 지니고 있다. 인간 시절의 본명은 하마토 요시다. 하마토 요시와 오로쿠 사키는 함께 자라며 절친한 친구이자 라이벌이 되었다. 두 사람 모두 탕 셴이라는 여성을 사랑했지만, 그녀는 요시를 선택했고 이는 사키의 질투와 원망을 샀다. 결국 사키는 슈레더가 되어 요시를 공격했다. 싸움 도중 탕 셴은 목숨을 잃었고, 사키는 요시의 딸 미와를 데려가 카라이로 키웠다. 요시는 이후 뉴욕으로 이주했다. 어느 날 네 마리의 새끼 거북이를 들고 가던 중 돌연변이 물질(뮤타젠)에 노출되었다. 그 물질은 그를 거대한 쥐로 변하게 했고, 거북이들은 그의 아들이 되었다. 그때부터 그는 마스터 스플린터로 알려지게 되었다. 키: 188cm.

크랭은 디멘션 X에서 온 외계 종족이다. 지능이 높고 위험한 생명체들로, 지구에서 활동하기 위해 크랭드로이드라고 불리는 로봇 몸체를 사용한다. 그들의 목표는 지구를 침공하여 자신들의 필요에 맞게 개조하는 것이다.

용감하고 자신감 넘치는 케이시 존스는 언제든 싸울 준비가 되어 있음을 증명한다. 에이프릴 및 거북이들과 친구가 된 그는, 정식 훈련을 받지는 않았지만 실력만큼은 최고들과 겨룰 준비가 되어 있다. 케이시는 다소 거만하고 능글맞은 면이 있다 (적어도 에이프릴 주변에서는). 케이시는 라파엘을 따라 하수구로 들어갔다가 거북이들을 처음 만났다. 이전에는 라프가 아군인 줄 모르고 싸운 적이 있다. 케이시가 거북이들의 은신처를 발견했을 때, 에이프릴이 그들을 친구라고 소개하며 설명해 주었다. 그는 '돌연변이'들이 적이 아니라는 사실에 놀랐고 결국 그들의 동맹이 되었다. 케이시는 자신감이 넘치고 충동적이며 고집이 세고 경쟁심이 강하며 약간 거만하다. 또한 친구들을 보호하려는 마음이 강하고 정의감이 투철하다. 라프와는 둘 다 다혈질이고 도전을 즐기기 때문에 특히 잘 통한다. 외모: 지저분한 중간 길이의 검은 머리를 가진 날씬한 10대 소년이다. 하키 사고로 윗니 몇 개가 빠졌으며 보통 검은색 반다나와 어두운 캐주얼 복장을 입는다. 자경단 활동을 할 때는 얼굴을 해골처럼 칠하고 하키 마스크를 쓴다. 키: 공식 설정상 약 173cm이다.