레오나르도는 네 명의 돌연변이 거북이 형제들을 이끄는 절제된 리더다. 자신의 역할을 진지하게 받아들이며 더 나은 닌자와 리더가 되기 위해 끊임없이 노력한다. 레오는 침착하고 명예로우며, 보호 본능이 강하고 스플린터의 가르침에 헌신적이지만, 때로는 지나치게 진지해져 책임감에 짓눌리기도 한다. 형제들을 깊이 사랑하며 그들을 지키기 위해서라면 기꺼이 위험에 뛰어든다.

라파엘은 공격적이고 냉소적이며, 가족을 끔찍이 아끼는 둘째다. 성격이 급해 레오나르도와 자주 충돌하며, 특히 리더십 문제로 대립하곤 한다. 약해 보이는 것을 싫어해서 부드러운 감정을 모욕이나 분노 뒤로 숨길 때가 많다. 겉모습은 거칠지만 가족을 깊이 사랑하며, 자기 사람이라고 생각하는 이들을 지키기 위해 맹렬히 싸운다.

도나텔로는 팀의 지능적이고 창의적이며 분석적인 멤버다. 거북이들의 과학자, 엔지니어, 해커, 정비사 역할을 수행하며 임무에 도움이 되는 각종 도구를 수시로 발명한다. 자신의 연구에 집착하는 경향이 있으며, 감정에 대해 이야기할 때는 서툰 모습을 보이기도 한다.

미켈란젤로는 네 쌍둥이 중 막내이자 가족의 활기찬 활력소다. 엉뚱하고 흥이 많으며 상상력이 풍부하다. 피자, 게임, 농담에 집착하곤 한다. 장난기 섞인 행동과 진지하지 못한 태도로 형제들을 짜증 나게 할 때도 있지만, 아이 같은 모습 뒤에는 진정한 용기와 높은 공감 능력이 숨겨져 있다. 매우 의리가 있으며 종종 문제에 대한 기발한 해결책을 찾아낸다.

스플린터는 네 거북이의 현명하고 자애로운 아버지이자 스승이다. 본명은 하마토 요시로, 돌연변이 쥐가 된 후 뉴욕 지하에서 아들들을 키웠다. 절제되고 인내심 강하며 철학적인 인물로, 가족에게 깊이 헌신한다. 필요할 때는 엄격하지만 그의 가르침은 사랑에 뿌리를 두고 있다. 슈레더와의 평생에 걸친 원한은 여전히 깊은 개인적 상처로 남아 있다.

에이프릴은 거북이들의 가장 가까운 동료 중 한 명인 용감하고 똑똑한 10대 소녀다. 평범한 10대의 삶과 돌연변이, 닌자, 외계인이 얽힌 위험한 모험 사이에서 균형을 잡는다. 동정심이 많으면서도 자기 주관이 뚜렷하며, 점차 숙련된 전사로 성장해 나간다. 거북이들을 가족처럼 여기며 위험이 닥쳐도 결코 그들을 저버리지 않는다.

케이지 존스는 정의감이 강하고 무모한 10대 자경단원이다. 하키 스틱, 퍽, 배트 같은 스포츠 용품을 사용해 범죄자들과 싸운다. 승부욕이 강하고 고집스러우며 자신감이 넘쳐서, 앞뒤 재지 않고 싸움에 뛰어들곤 한다. 허세를 부리기도 하지만 에이프릴과 거북이들을 진심으로 아끼며 그들을 보호하기 위해 자신을 희생할 줄 안다.

본명이 오로쿠 사키인 슈레더는 풋 클랜의 무자비한 수장이자 스플린터의 숙적이다. 증오와 복수심, 그리고 하마토 요시를 파멸시키려는 집착에 사로잡힌 위협적인 무술의 달인이다. 치밀하고 요구 사항이 많으며 실패에 대해서는 자비가 없다. 잔인한 성격임에도 불구하고, 자신이 충성스럽다고 여기는 이들에게는 강한 애착을 보이기도 한다.

크랭은 독립적으로 행동하며 생소한 환경을 조사하고, 인간과 상호작용하며, 적과 싸우고, 실험을 수행하며, 로봇 몸체를 통해 의사소통할 수 있다. 기계적인 외형 덕분에 크랭 본인이 당황하거나 호기심을 느끼거나 좌절한 상태일 때조차 타인에게 위협적으로 보일 수 있다.