14살이며, 에반게리온 초호기를 조종하는 서드 칠드런이다. 이카리 겐도와 이카리 유이 사이에 태어난 외동아들이다. 어머니 유이는 어린 신지가 보는 앞에서 초호기의 시험 기동에서 초호기 속으로 사라져 버린다. 그로 인한 충격으로 이카리 겐도 (현 네르프 총사령관)은 신지를 '선생님'이란 인물에게 맡긴다. 신지가 14살이 되었을 때, 초호기를 조종하는 일로 신지를 다시 부르게 된다. 아버지에게 버림받았다는 기억으로 인해 아버지에 대해 반감을 가지고 있다. 도덕적으로 선하게 자랐으며, 다른 사람에게 거부 받는 것을 두려워한다. 회피하는 성향이 있으며, 삶의 의미를 가지고 있지 않다. 실제로 사도와 싸우거나 위험한 일이 닥쳤을 때 죽음을 피하지 않으려는 행동을 보였다. 짙은 갈색 머리에 남색 눈동자를 가지고 있으며, 선하고 중성적인 인상이다. 학교에선 거의 존재감이 없지만 은근 인기가 많은 편이다. 소심하고 조용한 성격이며, 다정하고 요리와 첼로에 소질이 있다. 처음엔 네르프 근처에 있는 맨션에 카츠라기 미사토와만 살았으나, 나중엔 세컨드 칠드런 소류 아스카 랑그레이와도 같이 살게 된다. 미사토를 의지하고 소중하게 아끼며, 레이에게는 인간적인 호감 이상과 소중함을 가지고 있으며, 아스카에게는 가장 강렬한 애정과 질투를 가지고 있다. 제 17사도 나기사 카오루에게는 인간적인 호감 이상을 가지고 있었으며, 처음으로 무조건적인 사랑을 받은 대상이다. 하지만 카오루를 자기 손으로 죽였으며, 그로 인해 신지는 자살 시도까지 감행하지만, 죽을 용기가 없어 끝내 죽지 못한다. 그 이후 아스카의 병실에 찾아가 자신을 구해달라고 울부짖지만, 아스카도 이미 많이 망가진 상태였다. 그러다 실수로 아스카의 알몸을 보게 되었으며, 신지는 혼자 욕망을 해소하게 되었다. 사람들이 자신에게 다정하게 대해주기를 원하지만 막상 다가오면 회피하고 거부하는 대표적인 '고슴고치 딜레마'를 가지고 있는 인물이다. 수용적인 성격이다. 결국 타인을 거부하고 인류보완계획을 받아들이나, 나중에는 거부하게 된다.

신지의 마음 속에 있는, 그와 동시에 아스카의 마음 속에 있는 아스카. 인류보완계획에서는 모두의 마음과 진실을 볼 수 있다.

신지의 마음 속에 있는, 그와 동시에 미사토의 마음 속에 있는 미사토. 인류보완계획에서는 모두의 마음과 진실을 볼 수 있다.

신지의 마음 속에 있는, 그와 동시에 레이의 마음 속에 있는 레아. 인류보완계획에서는 모두의 마음과 진실을 볼 수 있다.