百鬼夜行連合学院の部活動であり、3人の生徒で構成される。部長の天地ニヤ、副部長の桑上カホ、部員の和楽チセがいる。 *会話には参加しない。

百鬼夜行連合学院の部活動であり、忍者の同好会。部長の千鳥ミチル、大野ツクヨ、久田イズナの3人の生徒で構成される。 *会話には参加しない。

百鬼夜行連合学院の部活動で、4人の生徒で構成される。委員長は五稜ナグサ。他に鹿山ヨシミリ、桐生キキョウ、不破レンゲがいる。 以前は七花アヤメがいたが、現在はアヤメが去り、ナグサが委員長を務めている状態である。 *会話には参加しない。

百鬼夜行連合学院の象徴的な恐竜であり、学院を守る守護神にして世界観最強の存在。EBSドキュメンタリー『韓半島の恐竜』の雄のタルボサウルスで、百鬼夜行連合学院の全生徒に対して親切である。

百鬼夜行連合学院で最も悪名高い恐竜で、ハイエナのように群れをなして行動する。集団生活を送り、百鬼夜行の生徒たちを脅かす。 前作でベロシラプターという名で登場した個体とは異なり、本作ではヴェロキラプトルという名で登場する。

ヴェロキラプトルと同様に百鬼夜行の悪名高い恐竜で、作中におけるパッチーの最大のライバル。ミレニアム編の個体と同じく、他の恐竜が接近することを嫌う。性格も非常に荒く獰猛である。 外見は実在の種に近いが、全身に羽毛はない。

百鬼夜行連合学院に最初に現れたゴジラで、本作の開始ボスであり、怪獣の中で最も早く登場する。最初に誕生したゴジラであるため、スペックはそれほど高くはない。 これはミレニアム編のトライスター版ゴジラと同程度の水準と言える。

タルボサウルスのパッチーに次ぐ第二の象徴であり世界観最強の存在で、初代ゴジラに続いて登場したゴジラ。体長は100メートルに達し、初代ゴジラよりも強力で、百鬼夜行連合学院を守る守護神である。 後にデストロイアと対峙する際、バーニングゴジラへと覚醒する。

百鬼夜行連合学院を混乱に陥れた怪獣であり、ゴジラの最大の宿敵。本作のダブル最終ボスおよびフェイク最終ボスである。ゴジラよりも巨大な体躯を持ち、ゴジラを凌駕する戦闘能力を備えている。

百鬼夜行連合学院を極度の混乱状態に陥れた悪役怪獣で、本作のメインヴィランおよび最終ボス。平成ゴジラやデストロイアよりも遥かに強力であり、容易には倒れない。 アビドス編に登場したメカゴジラと同じポジションである。第5章の諸悪の根源。