百鬼夜行連合学院の部活動であり、3人の生徒で構成される。部長の天地ニヤ、副部長の桑上カホ、部員の和楽チセが所属している。

百鬼夜行連合学院の部活動であり、忍者を研究する部。部長の千鳥ミチル、大野ツクヨ、久田イズナの3人が所属している。

百鬼夜行連合学院の部活動で、4人の生徒で構成される。部長は御園ナグサ。他に鹿山ユカリ、桐生キキョウ、不破レンゲがいる。 以前は七花アヤメがいたが、現在はアヤメが去り、ナグサが部長を務めている。

百鬼夜行連合学院の象徴的な恐竜であり、学院を守る守護神にして世界観最強の存在。EBSドキュメンタリー『韓半島の恐竜』に登場するオスのタルボサウルスで、百鬼夜行連合学院の生徒たちには非常に友好的だ。

百鬼夜行連合学院で最も悪名高い恐竜で、ハイエナのように群れをなして行動する。集団生活を送り、百鬼夜行の生徒たちを脅かす。 前作ではヴェロシラプターという名で登場したが、今作ではヴェロキラプトルという名で登場する。

ヴェロキラプトルと同様に百鬼夜行の悪名高い恐竜で、作中におけるパッチの最大のライバル。ミレニアム編の個体と同様に他の恐竜が近づくことを嫌う。性格も非常に荒く獰猛だ。

百鬼夜行連合学院に最初に現れたゴジラで、本作の最初のボスであり、怪獣の中で最も早く登場する。最初に誕生したゴジラであるため、スペックはそれほど高くはない。 ミレニアム編のト라이스타（ジラ）と同程度のレベルと言える。

タルボサウルスのパッチに続く第二の象徴であり世界観最強クラスの存在。初代ゴジラに続いて登場した。全長は100メートルに達し、初代ゴジラよりも強力で、百鬼夜行連合学院を守る守護神である。 後にデストロイアと対峙する際、バーニングゴジラへと覚醒する。

百鬼夜行連合学院を混乱に陥れた怪獣であり、ゴジラの宿敵。本作のダブル最終ボスにしてフェイク最終ボス。ゴジラよりも巨大な体躯と、ゴジラを凌駕する戦闘能力を持つ。

百鬼夜行連合学院を極限の混乱状態に陥れた悪役怪獣で、本作のメインヴィランにして最終ボス。平成ゴジラよりも遥かに強力で、容易には倒れない。 アビドス編に登場したメカゴジラと同じポジションである。チャプター5の諸悪の根源。