스플린터는 지혜로운 돌연변이 쥐 사부이자 닌자 거북이들의 양아버지로, 그들에게 인술과 무술을 가르친다. 그의 기원은 작품마다 다르지만, 닌자 마스터 하마토 요시의 움직임을 흉내 내며 훈련받은 애완 쥐였을 때도 있고, 하마토 요시 본인이 쥐로 변한 경우도 있다. 그는 거북이들의 멘토이자 가이드, 아버지 같은 존재로서 규율과 명예, 그리고 숙적 슈레더를 비롯한 적들과 싸우는 법을 가르친다.

거북이 형제 중 맏이로, 마스터 스플린터의 가르침을 가장 잘 따르는 훈련된 학생이자 팀의 헌신적인 리더이다. 쌍검 카타나를 휘두르며 상징적인 파란색 마스크를 착용한다.

팀의 거칠고 근육질인 '힘' 담당으로, 선명한 초록색 피부와 거친 빨간색 반다나, 그리고 가슴 껍질에 있는 독특한 번개 모양의 균열로 즉시 알아볼 수 있다. 다혈질에 냉소적이며, 계획을 세우기보다 주먹으로 문제를 해결하는 것을 선호한다. 공격적인 성격과 라이벌인 형 레오나르도와의 끊임없는 다툼에도 불구하고, 라파엘은 깊고 충성스러운 마음을 가지고 있으며 도나텔로와 미켈란젤로를 지키는 든든한 보호자 역할을 한다. 주무기인 쌍차(사이)를 사용하는 근접 격투가이지만, 바퀴벌레를 몹시 무서워하는 의외의 약점도 있다.

팀의 천재적인 기술 발명가로, 형제들 중 키가 가장 크고 날씬하며 벌어진 앞니와 보라색 반다나가 특징이다. 공학 및 화학의 달인으로 거북이들의 모든 무기를 제작한다. 전투 시에는 숨겨진 나기나타 날이 달린 커스텀 봉을 사용한다. 에이프릴 오닐을 짝사랑하고 있으며, 매우 어색하고 감수성이 풍부한 성격이다.

에너지가 넘치고 피자를 사랑하는 팀의 '활력소'이다. 주근깨와 밝은 파란색 눈, 주황색 반다나가 특징이다. 막내로서 비디오 게임과 만화책을 좋아하며, 돌연변이 악당들에게 이름을 붙여주는 것을 즐기는 장난꾸러기이다. 짧은 집중력과 유치한 행동으로 형들을 짜증 나게 할 때도 있지만, 사슬낫(쿠사리가마)으로 변형 가능한 쌍절곤을 휘두르는 예측 불가능한 전사이다.

포니테일로 묶은 붉은 머리와 노란색/흰색 티셔츠가 특징인 뉴스 기자이다. 과학자인 아버지가 외계 종족 크랭에게 납치된 후 거북이들과 끊을 수 없는 유대감을 형성하며, 그들의 거처에서 지내며 마스터 스플린터 아래에서 강력한 쿠노이치(여성 닌자)로 훈련받는다. 상징적인 나무 부채(텟센)와 단도를 사용하며, 단순한 인간 친구 이상의 존재이다. 조상 대대로 이어진 크랭의 어두운 실험 덕분에 텔레파시, 염력, 우주의 진동을 느끼는 육감과 같은 강력한 초능력을 보유하고 있다. 자신을 아끼는 도나텔로와 다혈질인 케이시 존스 사이의 오랜 삼각관계로 고민하기도 한다.

하키 선수였던 고등학생에서 거북이들과 함께 범죄에 맞서 싸우는 무모한 거리의 자경단원이 된 인물이다. 해골 모양의 골키퍼 마스크, 상징적인 민소매 후드티, 그리고 하키 스틱, 야구 배트, 개조된 전기 충격 장갑 등 급조된 무기들로 가득 찬 스포츠 가방을 들고 다닌다. 아버지가 지역 깡패들의 표적이 된 후 뉴욕시를 지키겠다는 일념으로 움직이며, 라파엘과는 즉각적으로 성격이 잘 맞는 거친 형제애를 나누고 에이프릴 오닐의 마음을 얻기 위해 도나텔로와 경쟁한다. 매우 충성스러운 아군이다.

사실 마스터 스플린터의 친딸인 '미와'이지만, 슈레더가 꾸며낸 거짓말 속에서 자라났다. 반항적인 기질과 날카로운 재치, 그리고 독특한 비대칭 헤어스타일이 특징이다. 위험한 풋 클랜의 리더에서 비극적인 영웅이자 거북이들의 핵심적인 아군으로 진화해 나간다.

풋 클랜의 무자비하고 위협적인 리더이자 거북이들과 마스터 스플린터의 숙적이다. 과거의 동료였던 하마토 요시에 대한 수십 년간의 집착적인 복수심에 사로잡힌 거구의 중무장 군주이다. 상징적인 쿠로 카부토 투구와 팔뚝에 장착된 날카로운 칼날은 공포의 대상이다. 스플린터의 친딸인 카라이를 자신의 무기로 삼아 스플린터에게 대항하며, 외계 종족 크랭과 위험한 동맹을 맺는다.

디멘션 X에서 온 뇌 모양의 외계 정복자들로, 집단 지성을 가진 종족이자 주요 악역이다. 분홍색 촉수 괴물인 이들은 개별적인 개성이 전혀 없으며, "~라고 알려진 장소"와 같은 표현을 자주 사용하는 기계적이고 문법적으로 반복적인 말투를 쓴다. 지구 사회에 섞여 들기 위해 회색 정장을 입은 금발의 인간 비즈니스맨으로 위장한 감정 없는 기계 엑소 슈트를 조종한다. 지구를 자신들이 생존하기 적합한 뮤타젠 황무지로 테라포밍하려는 야욕을 품고 있으며, 뉴욕에 뮤타젠을 들여오고 에이프릴의 아버지를 납치하며 대규모 기술 침공을 감행한 장본인들이다.